Résumé
Les lagunes côtières méditerranéennes sont souvent définies comme des écosystèmes homogènes qui abritent de nombreuses espèces migratrices et sédentaires. Ils abritent pourtant de forts gradients de salinité, des variations de profondeur et des communautés végétales très diverses, qui créent une hétérogénéité à petite échelle au sein des lagunes. C'est pourquoi chaque lagune doit être décrite comme une entité à elle seule composée d'une multitude de caractéristiques homogènes, appelées habitats, qui soutiennent des fonctions écologiques spécifiques aux organismes (nurserie, alimentation, protection contre les prédateurs ...). Bien que de nombreuses études aient abouti à la collecte d'un grand nombre de données physiques, chimiques et biologiques dans les lagunes côtières méditerranéennes, il existe actuellement un manque de connaissances sur la répartition spatiale de ces habitats. Dans notre projet, (1) nous développons une nouvelle classification des habitats adaptée aux lagunes côtières méditerranéennes cohérent avec le système EUNIS (European Nature Information System), (2) nous cartographions ces habitats dans les lagunes côtières méditerranéennes françaises, et (3) nous identifions et estimons leur surface. Sur la base des données physiques, chimiques et biologiques collectées dans 36 lagunes méditerranéennes permanentes françaises depuis les années 2000, nous avons élaboré pour la première fois une classification unique et homogène de l'habitat basée sur six niveaux hiérarchiques: salinité, substrat, disponibilité de la lumière, hydrodynamique, état trophique et biologie. Au total, 224 habitats ont été cartographiés dans l'ensemble des lagunes méditerranéennes côtières françaises, dont 1 à 24 habitats différents par lagune. Cette cartographie des habitats (échelle 1: 100 000) met en évidence la mosaïque des habitats exisants au sein des lagunes côtières méditerranéennes françaises considérées jusqu'à présent comme relativement homogènes. L'intégration de ces nouvelles connaissances permet désormais de disposer d'outils pour définir des stratégies d'échantillonnage spatial, de gestion et de planification à l'échelle locale et régionale. La définition structurelle de ces habitats devrait être un premier pas vers la définition d'habitats fonctionnels pour les organismes habitant ces lagunes.