The DeepFaune initiative: a collaborative effort towards the automatic identification of French fauna in camera-trap images

Noa Rigoudy; Gaspard Dussert; Abdelbaki Benyoub; Aurélien Besnard; Carole Birck; Jérome Boyer; Yoann Bollet; Yoann Bunz; Gérard Caussimont; Elias Chetouane; Jules Chiffard Carriburu; Pierre Cornette; Anne Delestrade; Nina De Backer; Lucie Dispan; Maden Le Barh; Jeanne Duhayer; Jean-François Elder; Jean-Baptiste Fanjul; Jocelyn Fonderflick; Nicolas Froustey; Mathieu Garel; William Gaudry; Agathe Gérard; Olivier Gimenez; Arzhela Hemery; Audrey Hemon; Jean-Michel Jullien; Daniel Knitter; Isabelle Malafosse; Mircea Marginean; Louise Ménard; Alice Ouvrier; Gwennaelle Pariset; Vincent Prunet; Julien Rabault; Malory Randon; Yann Raulet; Antoine Régnier; Romain Ribière; Jean-Claude Ricci; Sandrine Ruette; Yann Schneylin; Jérôme Sentilles; Nathalie Siefert; Bethany Smith; Guillaume Terpereau; Pierrick Touchet; Wilfried Thuiller; Antonio Uzal; Valentin Vautrain; Ruppert Vimal; Julian Weber; Bruno Spataro; Vincent Miele; Simon Chamaillé-Jammes

doi:10.1101/2022.03.15.484324

Prépublication

The DeepFaune initiative: a collaborative effort towards the automatic identification of French fauna in camera-trap images

Noa Rigoudy, Gaspard Dussert, Abdelbaki Benyoub, Aurélien Besnard, Carole Birck, Jérome Boyer, Yoann Bollet, Yoann Bunz, Gérard Caussimont, Elias Chetouane, …

bioRxiv

Cold Spring Harbor Laboratory, 1.3

13/07/2023

DOI: https://doi.org/10.1101/2022.03.15.484324

Résumé

Ecology

Camera traps have revolutionized how ecologists monitor wildlife, but their full potential is realized only when the hundreds of thousands of collected images can be readily classified with minimal human intervention. Deep-learning classification models have allowed extraordinary progress towards this end, but trained models remain rare and are only now emerging for European fauna. We report on the first milestone of the DeepFaune initiative (https://www.deepfaune.cnrs.fr), a large-scale collaboration between more than 50 partners involved in wildlife research, conservation and management in France. We developed a classification model trained to recognize 26 species or higher-level taxa. The classification model achieved 0.97 validation accuracy and often >0.95 precision and recall for many classes. These performances were generally higher than 0.90 when tested on independent out-of-sample datasets for which we used image redundancy contained in sequence of images. We implemented our model in a software to classify images stored locally on a personal computer, so as to provide a free, user-friendly and high-performance tool for wildlife practitioners to automatically classify camera-trap images.

Indicateurs

1 Consultations de la notice

Détails

Titre: The DeepFaune initiative: a collaborative effort towards the automatic identification of French fauna in camera-trap images
Créateurs - sans rôle: Noa Rigoudy - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive
Gaspard Dussert - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive
Abdelbaki Benyoub - Parc National des Ecrins, Domaine de Charance
Aurélien Besnard - Université de Montpellier
Carole Birck - Asters, Conservatoire d’espaces naturels de Haute-Savoie, 84 route du Viéran, PAE de Pré Mairy
Jérome Boyer - Office Français de la Biodiversité
Yoann Bollet - Fédération Départementale des Chasseurs de l’Ain
Yoann Bunz - Parc National des Ecrins, Domaine de Charance
Gérard Caussimont - Fond d’Intervention Eco-Pastoral (FIEP) Groupe Ours Pyrénées
Elias Chetouane - Observatoire spatio-temporel de la biodiversité et du fonctionnement des socio-écosystèmes de montagne (ORCHAMP)
Jules Chiffard Carriburu - Office Français de la Biodiversité, Direction de la Recherche et Appui Scientifique, Service “Santé de la faune et fonctionnement des écosystèmes agricoles”
Pierre Cornette - Institut du développement et des ressources en informatique scientifique
Anne Delestrade - Centre de Recherches sur les Ecosystèmes d’Altitude (CREA Mont-Blanc), Observatoire du Mont-Blanc
Nina De Backer - Parc naturel régional du Perche
Lucie Dispan - CERFE - URCA, 5 rue de la Héronnière
Maden Le Barh - CERFE - URCA, 5 rue de la Héronnière
Jeanne Duhayer - Office Français de la Biodiversité
Jean-François Elder - Parc naturel régional des Marais du Cotentin et du Bessin
Jean-Baptiste Fanjul - Fédération Départementale des Chasseurs du Jura
Jocelyn Fonderflick - Parc national des Cévennes
Nicolas Froustey - Institut Méditerranéen du Patrimoine Cynégétique et Faunistique, Domaine expérimental agrienvironnement, Villa “Les Bouillens”
Mathieu Garel - Office Français de la Biodiversité
William Gaudry - Office Français de la Biodiversité
Agathe Gérard - Parc naturel régional des Ballons des Vosges, gestionnaire de la RNN de la Tourbière de Mâchais
Olivier Gimenez - Université de Montpellier
Arzhela Hemery - Université de Montpellier
Audrey Hemon - Etablissement public du Mont-Saint-Michel, 16 route de la Caserne
Jean-Michel Jullien - Chemin de Pré Rond-Les Mariages
Daniel Knitter - OEKO-LOG field research Joachimsthaler Str. 9
Isabelle Malafosse - Parc national des Cévennes
Mircea Marginean - Fauna & Flora International, The David Attenborough Building
Louise Ménard - Parc Naturel Regional des Baronnies Provençales
Alice Ouvrier - GEODE UMR 5602, CNRS, Université Jean-Jaurès
Gwennaelle Pariset - Parc Naturel Regional des Baronnies Provençales
Vincent Prunet - Parc national du Mercantour
Julien Rabault - Université Toulouse III - Paul Sabatier
Malory Randon - Fédération Départementale des Chasseurs de la Drôme
Yann Raulet - 100 rue Barbara 34730 Prades le Lez
Antoine Régnier - Institut du développement et des ressources en informatique scientifique
Romain Ribière - Parc naturel régional de l’Aubrac, Place d’Aubrac
Jean-Claude Ricci - Institut Méditerranéen du Patrimoine Cynégétique et Faunistique, Domaine expérimental agrienvironnement, Villa “Les Bouillens”
Sandrine Ruette - Office Français de la Biodiversité
Yann Schneylin - 2 la Place du Château
Jérôme Sentilles - Office Français de la Biodiversité, Direction de la Recherche et Appui Scientifique, Service “Conservation et Gestion des Espèces à Enjeux”
Nathalie Siefert - Parc national du Mercantour
Bethany Smith - Nottingham Trent University
Guillaume Terpereau - Observatoire spatio-temporel de la biodiversité et du fonctionnement des socio-écosystèmes de montagne (ORCHAMP)
Pierrick Touchet - Office Français de la Biodiversité
Wilfried Thuiller - Observatoire spatio-temporel de la biodiversité et du fonctionnement des socio-écosystèmes de montagne (ORCHAMP)
Antonio Uzal - Nottingham Trent University
Valentin Vautrain - Parc naturel régional du Perche
Ruppert Vimal - GEODE UMR 5602, CNRS, Université Jean-Jaurès
Julian Weber - OEKO-LOG field research Joachimsthaler Str. 9
Bruno Spataro - Université Lyon 1, CNRS, UMR 5558, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive
Vincent Miele - Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive
Simon Chamaillé-Jammes - CEFE, Université de Montpellier, CNRS
Détails de publication: bioRxiv
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory
Édition: 1.3
Nombre de pages: 23
Identifiants: 99163737809311
Unité académique: Centre d'Ecologie Fonctionnelle et Evolutive - CEFE
Langue: English
Type de ressource: Preprint