The genome of Theobroma cacao.

Xavier Argout; Jerome Salse; Jean-Marc Aury; Mark J Guiltinan; Gaetan Droc; Jerome Gouzy; Mathilde Allegre; Cristian Chaparro; Thierry Legavre; Siela N Maximova; Michael Abrouk; Florent Murat; Olivier Fouet; Julie Poulain; Yolande Roguet; Maguy Rodier-Goud; Jose Fernandes Barbosa-Neto; Francois Sabot; Dave Kudrna; Jetty Siva S Ammiraju; Stephan C Schuster; John E Carlson; Erika Sallet; Thomas Schiex; Anne Dievart; Melissa Kramer; Laura Gelley; Zi Shi; Aurélie Bérard; Christopher Viot; Michel Boccara; Ange Marie Risterucci; Valentin Guignon; Xavier Sabau; Michael J Axtell; Zhaorong Ma; Yufan Zhang; Spencer Brown; Mickael Bourge; Wolfgang Golser; Xiang Song; Didier Clement; Ronan Rivallan; Mathias Tahi; Joseph Moroh Akaza; Bertrand Pitollat; Karina Gramacho; Angélique d'Hont; Dominique Brunel; Diogenes Infante; Ismael Kebe; Pierre Costet; Rod Wing; W Richard Mccombie; Emmanuel Guiderdoni; Francis Quetier; Olivier Panaud; Patrick Wincker; Stephanie Bocs; Claire Lanaud

doi:10.1038/ng.736

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The genome of Theobroma cacao.

Xavier Argout, Jerome Salse, Jean-Marc Aury, Mark J Guiltinan, Gaetan Droc, Jerome Gouzy, Mathilde Allegre, Cristian Chaparro, Thierry Legavre, Siela N Maximova, …

Nature Genetics, Vol.43(2), pp.101-8

02/2011

DOI: https://doi.org/10.1038/ng.736

PMID: 21186351

Résumé

cacao genome

cacaoyer

cocoa statistics

Cacao

Cell Nucleus

Genome, Plant

Genotype

Homozygote

In Situ Hybridization

Models, Genetic

Quantitative Trait Loci

DNA

DNA Transposable Elements

Evolution, Molecular

Gene Expression Regulation, Plant

Genes, Plant

arbre fruitier

theobroma cacao

zone tropicale

arboriculture fruitière

génome

We sequenced and assembled the draft genome of Theobroma cacao, an economically important tropical-fruit tree crop that is the source of chocolate. This assembly corresponds to 76% of the estimated genome size and contains almost all previously described genes, with 82% of these genes anchored on the 10 T. cacao chromosomes. Analysis of this sequence information highlighted specific expansion of some gene families during evolution, for example, flavonoid-related genes. It also provides a major source of candidate genes for T. cacao improvement. Based on the inferred paleohistory of the T. cacao genome, we propose an evolutionary scenario whereby the ten T. cacao chromosomes were shaped from an ancestor through eleven chromosome fusions.

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Détails

Titre: The genome of Theobroma cacao.
Créateurs - sans rôle: Xavier Argout - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Jerome Salse - Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales
Jean-Marc Aury - Génomique métabolique
Mark J Guiltinan - Pennsylvania State University
Gaetan Droc - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Jerome Gouzy - Centre National de la Recherche Scientifique
Mathilde Allegre - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Cristian Chaparro - Centre National de la Recherche Scientifique
Thierry Legavre - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Siela N Maximova - Pennsylvania State University
Michael Abrouk - Biodiversité, Gènes & Communautés
Florent Murat - Biodiversité, Gènes & Communautés
Olivier Fouet - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Julie Poulain - Centre National pour la Recherche Scientifique et Technique (CNRST)
Yolande Roguet - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Maguy Rodier-Goud - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Jose Fernandes Barbosa-Neto - Institut de Recherche pour le Développement
Francois Sabot - Université de Perpignan
Dave Kudrna - University of Arizona
Jetty Siva S Ammiraju - University of Arizona
Stephan C Schuster - Pennsylvania State University
John E Carlson - Pennsylvania State University
Erika Sallet - Centre National de la Recherche Scientifique
Thomas Schiex - Institut National de la Recherche Agronomique
Anne Dievart - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Melissa Kramer - Cold Spring Harbor Laboratory
Laura Gelley - Cold Spring Harbor Laboratory
Zi Shi - Pennsylvania State University
Aurélie Bérard - Commissariat à l'Énergie Atomique et aux Énergies Alternatives
Christopher Viot - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Michel Boccara - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Ange Marie Risterucci - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Valentin Guignon - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Xavier Sabau - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Michael J Axtell - Pennsylvania State University
Zhaorong Ma - Pennsylvania State University
Yufan Zhang - Pennsylvania State University
Spencer Brown - Institut des Sciences du Végétal
Mickael Bourge - Institut des Sciences du Végétal
Wolfgang Golser - University of Arizona
Xiang Song - University of Arizona
Didier Clement - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Ronan Rivallan - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Mathias Tahi
Joseph Moroh Akaza - Centre National de Recherche Agronomique
Bertrand Pitollat - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Karina Gramacho - Comissão Executiva do Plano da Lavoura Cacaueira
Angélique d'Hont - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Dominique Brunel - Commissariat à l'Énergie Atomique et aux Énergies Alternatives
Diogenes Infante - Instituto de Estudios Avanzados
Ismael Kebe - Institut des Sciences du Végétal
Pierre Costet - Animalerie spécialisée
Rod Wing - University of Arizona
W Richard Mccombie - Cold Spring Harbor Laboratory
Emmanuel Guiderdoni - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Francis Quetier - Université d'Évry Val-d'Essonne
Olivier Panaud - Université de Perpignan
Patrick Wincker - Commissariat à l'Énergie Atomique et aux Énergies Alternatives
Stephanie Bocs - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Claire Lanaud - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Détails de publication: Nature Genetics, Vol.43(2), pp.101-8
Identifiants: 99161338909311
Unité académique: Institut Amélioration Génétique & Adaptation des Plantes méditerranéennes & tropicales-AGAP
Langue: English
Type de ressource: Journal article
Champs locaux: hal-00855922