The banana (Musa acuminata) genome and the evolution of monocotyledonous plants.

Angélique d'Hont; France Denoeud; Jean-Marc Aury; Franc-Christophe Baurens; Françoise Carreel; Olivier Garsmeur; Benjamin Noel; Stéphanie Bocs; Gaëtan Droc; Mathieu Rouard; Corinne da Silva; Kamel Jabbari; Céline Cardi; Julie Poulain; Marlène Souquet; Karine Labadie; Cyril Jourda; Juliette Lengellé; Marguerite Rodier-Goud; Adriana A. Alberti; Maria Bernard; Margot Correa; Saravanaraj Ayyampalayam; Michael R Mckain; Jim Leebens-Mack; Diane Burgess; Mike Freeling; Didier Mbéguié-A-Mbéguié; Matthieu Chabannes; Thomas Wicker; Olivier Panaud; Jose Barbosa; Eva Hribova; Pat Heslop-Harrison; Rémy Habas; Ronan Rivallan; Philippe Francois; Claire Poiron; Andrzej Kilian; Dheema Burthia; Christophe Jenny; Frédéric Bakry; Spencer Brown; Valentin Guignon; Gert Kema; Miguel Dita; Cees Waalwijk; Steeve Joseph; Anne Dievart; Olivier Jaillon; Julie Leclercq; Xavier Argout; Eric Lyons; Ana Almeida; Mouna Jeridi; Jaroslav Dolezel; Nicolas Roux; Ange-Marie Risterucci; Jean Weissenbach; Jean-Christophe Glaszmann; Francis Quétier; Nabila Yahiaoui; Patrick Wincker

doi:10.1038/nature11241

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The banana (Musa acuminata) genome and the evolution of monocotyledonous plants.

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Avec comité de lecture

The banana (Musa acuminata) genome and the evolution of monocotyledonous plants.

Angélique d'Hont, France Denoeud, Jean-Marc Aury, Franc-Christophe Baurens, Françoise Carreel, Olivier Garsmeur, Benjamin Noel, Stéphanie Bocs, Gaëtan Droc, Mathieu Rouard, …

Nature, Vol.488(7410), pp.213-7

09/08/2012

DOI: https://doi.org/10.1038/nature11241

PMID: 22801500

Résumé

gene

in situ hybridization

sequence count data

dna sequences

differential expression

maximum likelihood

resource

identification

diversification

rice

Conserved Sequence

DNA Transposable Elements

Haploidy

Molecular Sequence Data

Musa

Phylogeny

Evolution, Molecular

Gene Duplication

Genes, Plant

Genome, Plant

Genotype

Bananas (Musa spp.), including dessert and cooking types, are giant perennial monocotyledonous herbs of the order Zingiberales, a sister group to the well-studied Poales, which include cereals. Bananas are vital for food security in many tropical and subtropical countries and the most popular fruit in industrialized countries. The Musa domestication process started some 7,000 years ago in Southeast Asia. It involved hybridizations between diverse species and subspecies, fostered by human migrations, and selection of diploid and triploid seedless, parthenocarpic hybrids thereafter widely dispersed by vegetative propagation. Half of the current production relies on somaclones derived from a single triploid genotype (Cavendish). Pests and diseases have gradually become adapted, representing an imminent danger for global banana production. Here we describe the draft sequence of the 523-megabase genome of a Musa acuminata doubled-haploid genotype, providing a crucial stepping-stone for genetic improvement of banana. We detected three rounds of whole-genome duplications in the Musa lineage, independently of those previously described in the Poales lineage and the one we detected in the Arecales lineage. This first monocotyledon high-continuity whole-genome sequence reported outside Poales represents an essential bridge for comparative genome analysis in plants. As such, it clarifies commelinid-monocotyledon phylogenetic relationships, reveals Poaceae-specific features and has led to the discovery of conserved non-coding sequences predating monocotyledon-eudicotyledon divergence.

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Détails

Titre: The banana (Musa acuminata) genome and the evolution of monocotyledonous plants.
Créateurs - sans rôle: Angélique d'Hont - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales
France Denoeud - Génomique métabolique
Jean-Marc Aury - Génomique métabolique
Franc-Christophe Baurens - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales
Françoise Carreel - Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite
Olivier Garsmeur - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Benjamin Noel - Commissariat à l'Énergie Atomique et aux Énergies Alternatives
Stéphanie Bocs - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Gaëtan Droc - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Mathieu Rouard - Agropolis International
Corinne da Silva - Genoscope
Kamel Jabbari - Université d'Évry Val-d'Essonne
Céline Cardi - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Julie Poulain - Genoscope
Marlène Souquet - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Karine Labadie - Genoscope
Cyril Jourda - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Juliette Lengellé - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Marguerite Rodier-Goud - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Adriana A. Alberti - Genoscope
Maria Bernard - Commissariat à l'Énergie Atomique et aux Énergies Alternatives
Margot Correa - Genoscope
Saravanaraj Ayyampalayam - University of Georgia
Michael R Mckain - University of Georgia
Jim Leebens-Mack - University of Georgia
Diane Burgess - University of California, Berkeley
Mike Freeling - University of California, Berkeley
Didier Mbéguié-A-Mbéguié - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Matthieu Chabannes - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Thomas Wicker - University of Zurich
Olivier Panaud - Laboratoire Génome et Développement des Plantes
Jose Barbosa - Centre National de la Recherche Scientifique
Eva Hribova - Czech Academy of Sciences, Institute of Experimental Botany
Pat Heslop-Harrison
Rémy Habas - Biologie et Génétique des Interactions Plante-Parasite
Ronan Rivallan - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Philippe Francois - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Claire Poiron - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Andrzej Kilian - ACT Government
Dheema Burthia - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Christophe Jenny - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Frédéric Bakry - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Spencer Brown - Institut des Sciences du Végétal
Valentin Guignon - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Gert Kema - Plant
Miguel Dita - Brazilian Agricultural Research Corporation
Cees Waalwijk
Steeve Joseph - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Anne Dievart - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Olivier Jaillon - Centre National de Recherche en Génomique Humaine
Julie Leclercq - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Xavier Argout - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Eric Lyons - University of Arizona
Ana Almeida
Mouna Jeridi - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Jaroslav Dolezel - Czech Academy of Sciences, Institute of Experimental Botany
Nicolas Roux - Agropolis International
Ange-Marie Risterucci - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Jean Weissenbach - Commissariat à l'Énergie Atomique et aux Énergies Alternatives
Jean-Christophe Glaszmann - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Francis Quétier - Université d'Évry Val-d'Essonne
Nabila Yahiaoui - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Patrick Wincker - Université d'Évry Val-d'Essonne
Détails de publication: Nature, Vol.488(7410), pp.213-7
Identifiants: 99161233209311
Unité académique: Institut Amélioration Génétique & Adaptation des Plantes méditerranéennes & tropicales-AGAP
Langue: English
Type de ressource: Journal article
Champs locaux: hal-00855582