The Rosa genome provides new insights into the domestication of modern roses

Olivier Raymond; Jérôme Gouzy; Jérémy Just; Hélène Badouin; Marion Verdenaud; Arnaud Lemainque; Philippe Vergne; Sandrine Moja; Nathalie Choisne; Caroline Pont; Sébastien Carrère; Jean-Claude Caissard; Arnaud Couloux; Ludovic Cottret; Jean-Marc Aury; Judit Szécsi; David Latrasse; Mohammed-Amin Madoui; Léa François; Xiaopeng Fu; Shu-Hua Yang; Annick Dubois; Florence Piola; Antoine Larrieu; Magali Perez; Karine Labadie; Lauriane Perrier; Benjamin Govetto; Yoan Labrousse; Priscilla Villand; Claudia Bardoux; Véronique Boltz; Céline Lopez-Roques; Pascal Heitzler; Teva Vernoux; Michiel Vandenbussche; Hadi Quesneville; Adnane Boualem; Abdelhafid Bendahmane; Chang Liu; Manuel Le Bris; Jérôme Salse; Sylvie Baudino; Moussa Benhamed; Patrick Wincker; Mohammed Bendahmane

doi:10.1038/s41588-018-0110-3

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The Rosa genome provides new insights into the domestication of modern roses

Article de revue

Avec comité de lecture

The Rosa genome provides new insights into the domestication of modern roses

Olivier Raymond, Jérôme Gouzy, Jérémy Just, Hélène Badouin, Marion Verdenaud, Arnaud Lemainque, Philippe Vergne, Sandrine Moja, Nathalie Choisne, Caroline Pont, …

Nature genetics, Vol.50(6), pp.772-777

01/06/2018

DOI: https://doi.org/10.1038/s41588-018-0110-3

PMID: 29713014

Résumé

13/106

13/31

45/22

45/23

45/90

45/91

631/114/2785/2302

631/449/1659

Agriculture

Animal Genetics and Genomics

Biomedical and Life Sciences

Biomedicine

Cancer Research

Gene Function

Général

Human Genetics

Letter

Roses have high cultural and economic importance as ornamental plants and in the perfume industry. We report the rose whole-genome sequencing and assembly and resequencing of major genotypes that contributed to rose domestication. We generated a homozygous genotype from a heterozygous diploid modern rose progenitor, Rosa chinensis ‘Old Blush’. Using single-molecule real-time sequencing and a meta-assembly approach, we obtained one of the most comprehensive plant genomes to date. Diversity analyses highlighted the mosaic origin of ‘La France’, one of the first hybrids combining the growth vigor of European species and the recurrent blooming of Chinese species. Genomic segments of Chinese ancestry identified new candidate genes for recurrent blooming. Reconstructing regulatory and secondary metabolism pathways allowed us to propose a model of interconnected regulation of scent and flower color. This genome provides a foundation for understanding the mechanisms governing rose traits and should accelerate improvement in roses, Rosaceae and ornamentals. High-quality genome assembly of diploid Rosa chinensis and resequencing of major genotypes highlights the origin of modern rose cultivars and provides insights into color biosynthesis and scent pathways.

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Détails

Titre: The Rosa genome provides new insights into the domestication of modern roses
Créateurs - sans rôle: Olivier Raymond - Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA
Jérôme Gouzy - LIPM, Université de Toulouse, INRA, CNRS
Jérémy Just - Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA
Hélène Badouin - LIPM, Université de Toulouse, INRA, CNRS, Univ Lyon, Université Lyon 1, CNRS, Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive UMR5558
Marion Verdenaud - Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA, Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2), CNRS, INRA, University Paris-Sud, University of Evry, University Paris-Diderot, Sorbonne Paris-Cite, University of Paris-Saclay
Arnaud Lemainque - Institut de biologie François Jacob
Philippe Vergne - Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA
Sandrine Moja - Univ Lyon, UJM-Saint-Etienne, CNRS
Nathalie Choisne - UR1164–Research Unit in Genomics-Info, INRA, Université Paris-Saclay
Caroline Pont - INRA/UBP UMR 1095 Genetics, Diversity and Ecophysiology of Cereals
Sébastien Carrère - Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes
Jean-Claude Caissard - Univ Lyon, UJM-Saint-Etienne, CNRS
Arnaud Couloux - Institut de biologie François Jacob
Ludovic Cottret - LIPM, Université de Toulouse, INRA, CNRS
Jean-Marc Aury - CEA–Institut de Biologie François Jacob, Genoscope
Judit Szécsi - Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA
David Latrasse - Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2), CNRS, INRA, University Paris-Sud, University of Evry, University Paris-Diderot, Sorbonne Paris-Cite, University of Paris-Saclay
Mohammed-Amin Madoui - CEA–Institut de Biologie François Jacob, Genoscope
Léa François - Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA
Xiaopeng Fu - Key Laboratory of Horticultural Plant Biology, College of Horticulture & Forestry Sciences, Huazhong Agricultural University
Shu-Hua Yang - Institute of Vegetables and Flowers, Chinese Academy of Agricultural Sciences
Annick Dubois - Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA
Florence Piola - Université Claude Bernard Lyon 1
Antoine Larrieu - Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA, Centre for Plant Sciences, Faculty of Biological Sciences, University of Leeds
Magali Perez - Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2), CNRS, INRA, University Paris-Sud, University of Evry, University Paris-Diderot, Sorbonne Paris-Cite, University of Paris-Saclay
Karine Labadie - Institut de biologie François Jacob
Lauriane Perrier - Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA
Benjamin Govetto - Aix Marseille Université, Avignon Université, CNRS, IRD, IMBE, Institut Méditerranéen de Biodiversité et d’Ecologie
Yoan Labrousse - Aix Marseille Université, Avignon Université, CNRS, IRD, IMBE, Institut Méditerranéen de Biodiversité et d’Ecologie
Priscilla Villand - Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA
Claudia Bardoux - Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA
Véronique Boltz - Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA
Céline Lopez-Roques - INRA, US 1426, GeT-PlaGe, Genotoul
Pascal Heitzler - Institut de Biologie Moléculaire des Plantes, CNRS
Teva Vernoux - Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA
Michiel Vandenbussche - Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA
Hadi Quesneville - Université Paris-Saclay
Adnane Boualem - Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2), CNRS, INRA, University Paris-Sud, University of Evry, University Paris-Diderot, Sorbonne Paris-Cite, University of Paris-Saclay
Abdelhafid Bendahmane - Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2), CNRS, INRA, University Paris-Sud, University of Evry, University Paris-Diderot, Sorbonne Paris-Cite, University of Paris-Saclay
Chang Liu - Center for Molecular Biology (ZMBP), University of Tübingen
Manuel Le Bris - Aix Marseille Université, Avignon Université, CNRS, IRD, IMBE, Institut Méditerranéen de Biodiversité et d’Ecologie
Jérôme Salse - INRA/UBP UMR 1095 Genetics, Diversity and Ecophysiology of Cereals
Sylvie Baudino - Univ Lyon, UJM-Saint-Etienne, CNRS
Moussa Benhamed - Institute of Plant Sciences Paris-Saclay (IPS2), CNRS, INRA, University Paris-Sud, University of Evry, University Paris-Diderot, Sorbonne Paris-Cite, University of Paris-Saclay
Patrick Wincker - CEA–Institut de Biologie François Jacob, Genoscope, CNRS, Université d’Evry
Mohammed Bendahmane - Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes, Univ Lyon, ENS de Lyon, UCB Lyon 1, CNRS, INRA
Détails de publication: Nature genetics, Vol.50(6), pp.772-777
Éditeur: Nature Publishing Group US
Nombre de pages: 6
Identifiants: 99162821109311
Unité académique: Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier - IRCM
Langue: English
Type de ressource: Journal article