Résumé
Le riz africain (Oryza glaberrima) a été domestiqué indépendamment du riz asiatique. L'origine géographique de sa domestication restait obscure. En utilisant 246 nouvelles séquences du génome complet, nous avons déduit que le berceau de sa domestication se trouvait dans le delta intérieur du Niger. Sa domestication a été précédée d'un fort déclin de la plupart des populations sauvages qui s’est amorcé il y a plus de 10.000 ans. L'effondrement des populations sauvages s'est produit pendant l'assèchement du Sahara. Cette découverte confirme l'hypothèse selon laquelle l'épuisement des ressources sauvages dans le Sahara a déclenché la domestication du riz africain. La culture du riz en Afrique s'est fortement développée il y a 2.000 ans. Au cours des cinq derniers siècles, le fort déclin de sa culture a coïncidé avec l'introduction du riz asiatique en Afrique. Le gène PROG1 associé à un phénotype d'architecture végétale érigée, a montré une sélection convergente pour deux espèces de riz cultivées, à savoir pour Oryza glaberrima d'Afrique et Oryza sativa d'Asie. En revanche, le gène d'éclatement SH5 a montré une signature de sélection pendant la domestication du riz africain, mais pas pendant la domestication du riz asiatique. Pour résumer, nos données génomiques révèlent une histoire complexe de la domestication du riz africain, influencée par les importants changements climatiques qu’a connu le Sahara, par une expansion des pratiques agricoles africaines, puis par le remplacement de cette céréale autochtone par des espèces domestiquées en Asie.