Structure, function, and evolution of the Thiomonas spp. genome.

Florence Arsène-Ploetze; Sandrine Koechler; Marie Marchal; Jean-Yves Coppée; Michael Chandler; Violaine Bonnefoy; Céline Brochier-Armanet; ​mohamed Barakat; Valérie Barbe; Fabienne Battaglia-Brunet; Odile Bruneel; Christopher G. Bryan; Jessica Cleiss-Arnold; Stéphane Cruveiller; Mathieu Erhardt; Audrey Heinrich-Salmeron; Florence Hommais; Catherine Joulian; Evelyne Krin; Aurélie Lieutaud; D. Lièvremont; Caroline Michel; Daniel Muller; Philippe Ortet; Caroline Proux; P. Siguier; David Roche; Zoé Rouy; Grégory Salvignol; Djamila Slyemi; Emmanuel Talla; Stéphanie Weiss; Jean Weissenbach; Claudine Médigue; Philippe N. Bertin

doi:10.1371/journal.pgen.1000859

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Structure, function, and evolution of the Thiomonas spp. genome.

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Structure, function, and evolution of the Thiomonas spp. genome.

Florence Arsène-Ploetze, Sandrine Koechler, Marie Marchal, Jean-Yves Coppée, Michael Chandler, Violaine Bonnefoy, Céline Brochier-Armanet, mohamed Barakat, Valérie Barbe, Fabienne Battaglia-Brunet, …

PLoS Genetics, Vol.6(2)

2010

DOI: https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000859

PMID: 20195515

Résumé

Adaptation, Physiological

Arsenic

Genetic Variation

Genome, Bacterial

Genomic Islands

Metabolic Networks and Pathways

Plasmids

Prophages

Betaproteobacteria

Carbon

Comparative Genomic Hybridization

Energy Metabolism

Environment

Evolution, Molecular

Gene Transfer, Horizontal

Genes, Bacterial

Genes, Duplicate

Bacteria of the Thiomonas genus are ubiquitous in extreme environments, such as arsenic-rich acid mine drainage (AMD). The genome of one of these strains, Thiomonas sp. 3As, was sequenced, annotated, and examined, revealing specific adaptations allowing this bacterium to survive and grow in its highly toxic environment. In order to explore genomic diversity as well as genetic evolution in Thiomonas spp., a comparative genomic hybridization (CGH) approach was used on eight different strains of the Thiomonas genus, including five strains of the same species. Our results suggest that the Thiomonas genome has evolved through the gain or loss of genomic islands and that this evolution is influenced by the specific environmental conditions in which the strains live.

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Détails

Titre: Structure, function, and evolution of the Thiomonas spp. genome.
Créateurs - sans rôle: Florence Arsène-Ploetze - Université de Strasbourg
Sandrine Koechler - Université de Strasbourg
Marie Marchal - Centre National de la Recherche Scientifique
Jean-Yves Coppée - Puces à ADN (Plate-Forme 2)
Michael Chandler - Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires
Violaine Bonnefoy - Centre National de la Recherche Scientifique
Céline Brochier-Armanet - Centre National de la Recherche Scientifique
mohamed Barakat - Institut de Biosciences et biotechnologies d'Aix-Marseille
Valérie Barbe - Genoscope
Fabienne Battaglia-Brunet - Bureau de Recherches Géologiques et Minières
Odile Bruneel - Université de Montpellier, Hydrosciences Montpellier - HSM
Christopher G. Bryan - Université de Strasbourg
Jessica Cleiss-Arnold - Université de Strasbourg
Stéphane Cruveiller - Commissariat à l'Énergie Atomique et aux Énergies Alternatives
Mathieu Erhardt - Institut de Biologie Moléculaire des Plantes
Audrey Heinrich-Salmeron - Université de Strasbourg
Florence Hommais - Centre National de la Recherche Scientifique
Catherine Joulian - Bureau de Recherches Géologiques et Minières
Evelyne Krin - Institut Pasteur
Aurélie Lieutaud - Centre National de la Recherche Scientifique
D. Lièvremont - Centre National de la Recherche Scientifique
Caroline Michel - Bureau de Recherches Géologiques et Minières
Daniel Muller - Université de Strasbourg
Philippe Ortet - Aix-Marseille Université
Caroline Proux - Institut Pasteur
P. Siguier - Laboratoire de Microbiologie et Génétique Moléculaires
David Roche - Centre National de la Recherche Scientifique
Zoé Rouy - Commissariat à l'Énergie Atomique et aux Énergies Alternatives
Grégory Salvignol - Centre National de la Recherche Scientifique
Djamila Slyemi - Centre National de la Recherche Scientifique
Emmanuel Talla - Centre National de la Recherche Scientifique
Stéphanie Weiss - Centre National de la Recherche Scientifique
Jean Weissenbach - Genoscope
Claudine Médigue - Genoscope
Philippe N. Bertin - Université de Strasbourg
Détails de publication: PLoS Genetics, Vol.6(2)
Identifiants: 99161182009311
Unité académique: Hydrosciences Montpellier - HSM
Langue: English
Type de ressource: Journal article
Champs locaux: hal-00463879