Résumé
Leaf blotch, caused by Zymoseptoria tritici and Parastagonospora nodorum is a major disease complexof wheat worldwide. In France, these diseases have been reported to cause yield losses up to 50% inbread wheat fields. Yield losses are mainly caused by Z. tritici on bread wheat. However, only littleinformation is available in France for epidemics on durum wheat that are increasing in prevalence in recentyears. A 3 years survey of leaf blotch on durum wheat and neighbouring bread wheat fields was recentlyconducted in France, in order to characterize the species complex, study population genetic structureaccording to host, assess host specificity, characterize cultivar susceptibility and evaluate fungicidesensitivity. Since Z. tritici and P. nodorum cause relatively similar symptoms on wheat, the presence ofthese two fungal species in infected leaves were tested using microbiological isolation methods and qPCRdetection. Z. tritici was detected in all French regions on both durum wheat and bread wheat. On durumwheat, P. nodorum was detected in most French regions. On bread wheat P. nodorum was only quantifiedat low levels by qPCR. Durum wheat cultivars are more susceptible to P. nodorum than bread wheatcultivars. Similarly, all the durum wheat cultivars were susceptible to Z. tritici. Genomic and geneticanalysis of Z. tritici populations showed a genetic structure of populations by host but also by geographyfor isolated durum wheat populations. Moreover, this genetic differentiation is correlated with thepathogenicity of isolates. Finally, we confirmed the generalization of DMI (DeMethylation Inhibitor) andQoIs (Quinone outside Inhibitors) in Z. tritici populations.
La septoriose, causée par Zymoseptoria tritici et Parastagonospora nodorum est l’une des principalesmaladies des céréales à paille dans le monde. En France, cette maladie peut entrainer des pertes derendements jusqu’à 50% pour le blé tendre. Ces pertes sont principalement causées par Z. tritici.Cependant, très peu d’informations sont disponibles pour les épidémies de septoriose sur blé dur qui ontaugmenté en fréquence ces dernières années. Dans ce projet, une étude pluriannuelle a été menée pourcaractériser le complexe d’espèces de la septoriose du blé dur, étudier la structuration génétique despopulations selon l’hôte, évaluer la spécificité d’hôte, caractériser la sensibilité variétale et évaluer larésistance des populations aux fongicides, dans l’objectif d’apporter des solutions efficaces pour luttercontre cette maladie. Grâce à un large échantillonnage et différentes approches méthodologiques, laprésence significative de Z. tritici et P. nodorum dans les feuilles symptomatiques de blé dur et doncl’importance de prendre en compte ces deux espèces dans la lutte contre la septoriose du blé dur ont étémises en évidence. Les variétés de blé dur sont plus sensibles à P. nodorum que les variétés de blétendre. De même, ces variétés ont également montré, en conditions contrôlées, des niveaux derésistance assez faibles à Z. tritici. Les analyses de génomique et génétique des populations de Z. triticiont montré une structuration génétique des populations en fonction de l’hôte mais également en fonctionde la géographie pour les populations de blé dur. De plus, cette différenciation génétique est égalementassociée à la pathogénicité des isolats. Enfin, nous avons confirmé la généralisation de la résistance auxQoIs (Quinone outside Inhibitor) et benzimidazoles, et l’absence de résistance aux SDHI (SuccinateDeHydrogenase Inhibitor) en 2013. La résistance aux IDM (Inhibiteurs de la DéMéthylation) estgénéralisée dans toutes les populations mais les phénotypes majoritaires diffèrent en fréquence dans leNord et le Sud, ce qui confirme les efficacités contrastées de certains triazoles observées par ailleurs.