Résumé
L’étude des bactéries anaérobies connaît un regain d’intérêt du fait de la description de leur importance dans les microbiotes et dans les processus infectieux. De nombreux outils commercialisés (milieux de transport, géloses et bouillons, systèmes assurant l’anaérobiose) permettent à ce jour leur culture à partir des échantillons cliniques. La spectrométrie de masse de type MALDI-TOF, éventuellement complétée par le séquenéage de l’ARN 16S, a révolutionné leur identification, y compris pour des espèces d’isolement moins fréquent, et diminué considérablement le délai de rendu des résultats. Les techniques phénotypiques conventionnelles, s’appuyant sur une série de tests facilement utilisables en routine et peu coûteux (microscopie, tests biochimiques rapides et taxodisques) permettent d’identifier les principaux genres d’importance clinique et parfois les espèces mais impliquent un délai de réponse de 48 h Étant donné l’évolution de la résistance aux antibiotiques de certaines bactéries (Bacteroides, Parabacteroides, Prevotella, cocci à Gram positif anaérobie) il est souhaitable de tester leur sensibilité surtout dans le cadre d’infections monomicrobiennes ou d’infections mixtes impliquant des bactéries potentiellement résistantes. Les techniques de routine facilement utilisables et flexibles reposent actuellement essentiellement sur les bandelettes imprégnées d’un gradient d’antibiotique. La méthode de référence (dilution en gélose) est réservée aux laboratoires spécialisés.
Role of medical biology laboratory in the microbiological diagnosis of anaerobic bacteria
There is a renewed interest in the study of anaerobes bacteria because of their role in microbiota and in infectious processes. Various commercially available systems (transport media, solid culture media and broth, systems providing suitable anaerobic environment) allow to isolate anaerobic bacteria successfully from clinical specimens. The use of matrix-assisted laser desorption/ionization timeof-flight mass spectrometry, eventually supplemented by 16S rRNA gene sequencing, has revolutionized identification of anaerobes, with quickly and accurately results even for unusual anaerobes. Conventional phenotypic techniques based on routinely usable and cost-effective tests (microscopy, rapid biochemical tests and special potency antibiotic disks) lead to an identification of main clinically relevant anaerobes at the genus level and sometimes at the species level but is time consuming. Because significative change in resistance patterns of many anaerobes (Bacteroides, Parabacteroides, Prevotella, anaerobe Gram positif cocci), antimicrobial susceptibility testing (AST) is recommended, especially in the case of monomicrobial infections or mixed infections incriminating potentially resistant bacteria. Methodology for easy and flexible routine AST of anaerobic bacteria is essentially based to date on the use of gradient strips. Agar dilution, considered as the reference standard for AST remains reserved for specialized laboratories.