Reanalysis of unsolved prenatal exome sequencing for structural defects: diagnostic yield and contribution of postnatal/postmortem features

Christel Thauvin-Robinet; Aurore Garde; Maud Favier; Julian Delanne; Caroline Racine; Thierry Rousseau; Sophie Nambot; Ange-Line Bruel; Sébastien Moutton; Chloé Quelin; Cindy Colson; Anne-Claire Brehin; Anne-Marie Guerrot; Caroline Rooryck; Audrey Putoux; Patricia Blanchet; Sylvie Odent; Elise Schaefer; Odile Boute; Alice Goldenberg; Agnes Guichet; Carine Abel; Godelieve Morel; Melanie Fradin; Bertrand Isidor; Marie Vincent; Christine Francannet; Gabriella Vera; Florence Petit; Mathilde Nizon; Constance Wells; Mederic Jeanne; Caroline Deiller; Alban Ziegler; Manon Godin; Pascale Saugier-Veber; Kevin Cassinari; Pierre Blanc; Emmanuel Simon; Christine Binquet; Yannis Duffourd; Hana Safraou; Anne-Sophie Denomme-Pichon; Antonio Vitobello; Christophe Philippe; Laurence Faivre; Frédéric Tran-Mau-Them; Nicolas Bourgon

doi:10.1038/s41431-025-01823-y

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Reanalysis of unsolved prenatal exome sequencing for structural defects: diagnostic yield and contribution of postnatal/postmortem features

Article de revue

Avec comité de lecture

Reanalysis of unsolved prenatal exome sequencing for structural defects: diagnostic yield and contribution of postnatal/postmortem features

Christel Thauvin-Robinet, Aurore Garde, Maud Favier, Julian Delanne, Caroline Racine, Thierry Rousseau, Sophie Nambot, Ange-Line Bruel, Sébastien Moutton, Chloé Quelin, …

European journal of human genetics : EJHG, Vol.33(5), pp.675-682

01/05/2025

DOI: https://doi.org/10.1038/s41431-025-01823-y

PMID: 40186013

Résumé

Autopsy

Congenital Abnormalities - diagnosis

Congenital Abnormalities - genetics

Congenital Abnormalities - pathology

Exome Sequencing - methods

Exome Sequencing - standards

Female

Genetic Testing - methods

Genetic Testing - standards

Humans

Infant, Newborn

Male

Phenotype

Pregnancy

Prenatal Diagnosis - methods

Prenatal Diagnosis - standards

In 30-40% of fetuses with structural defects, the causal variant remains undiagnosed after karyotype, chromosomal microarray, and exome sequencing. This study presents the results of a reanalysis of unsolved prenatal ES (pES) cases and investigates how postnatal/postmortem phenotyping contributes to identifying relevant variants. pES data was prospectively reanalyzed for unsolved cases enrolled in the AnDDI-Prénatome cohort study. Postnatal/postmortem data were included with prenatal features using Human Phenotype Ontology terms up to 3 years after pES. The reanalysis involved updating bioinformatic processing and querying raw data using a GREP query. We reanalyzed 58/94 (62%) unsolved pES cases, including 8 variants of unknown significance. Data for clinical examination at birth was available for all live newborns, and postmortem examination was available in 12 terminated fetuses. Additional features were identified at birth in 27/58 cases (44%): 9 terminated fetuses, 2 stillbirths, and 16 live newborns. One diagnosis (SNAPC4) was obtained through a periodic query following recent associations with human disease, and without additional clinical data. Three additional VUS were identified through reanalysis with the addition of new clinical features, illustrating the limited contribution of updated postnatal/postmortem phenotyping in identifying relevant variants after negative pES. In conclusion, the benefit of prospective reanalysis of unsolved pES is limited, even over time. Postnatal genome sequencing may be a more appropriate option than reanalysis with postnatal/postmortem phenotyping to establish a causal diagnosis.

Indicateurs

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Détails

Titre: Reanalysis of unsolved prenatal exome sequencing for structural defects: diagnostic yield and contribution of postnatal/postmortem features
Créateurs - sans rôle: Christel Thauvin-Robinet - INSERM UMR 1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université́ de Bourgogne, Dijon, France
Aurore Garde - Université de Bourgogne
Maud Favier - INSERM UMR 1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université́ de Bourgogne, Dijon, France
Julian Delanne - Université de Bourgogne
Caroline Racine - INSERM UMR 1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université́ de Bourgogne, Dijon, France
Thierry Rousseau - CHU Dijon Bourgogne
Sophie Nambot - INSERM UMR 1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université́ de Bourgogne, Dijon, France
Ange-Line Bruel - INSERM UMR 1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université́ de Bourgogne, Dijon, France
Sébastien Moutton - Université de Bourgogne
Chloé Quelin - Centre Hospitalier Universitaire de Rennes
Cindy Colson - Institut de génétique et de développement de Rennes
Anne-Claire Brehin - Clinique de Génétique Guy Fontaine et Centre de Référence Maladies Rares "Anomalies Du Développement et Syndromes Malformatifs" Nord-Ouest, CHU Lille, Lille, France
Anne-Marie Guerrot - Clinique de Génétique Guy Fontaine et Centre de Référence Maladies Rares "Anomalies Du Développement et Syndromes Malformatifs" Nord-Ouest, CHU Lille, Lille, France
Caroline Rooryck - Département de Génétique et Centre de Référence Maladies Rares "Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs", CHU Rouen, Rouen, France
Audrey Putoux - Centre Hospitalier Universitaire de Bordeaux
Patricia Blanchet - Hôpital Femme Mère Enfant
Sylvie Odent - Equipe Maladies Génétiques de L'Enfant et de L'Adulte, Département Génétique Médicale, Maladies Rares et Médecine Personnalisée, CHU de Montpellier, Montpellier, France
Elise Schaefer - Service de Génétique Médicale, Institut de Génétique Médicale d'Alsace, Strasbourg, France
Odile Boute - Institut de Génétique et Développement de Rennes, Université de Rennes, UMR6290, ERL1305, Rennes, France
Alice Goldenberg - Clinique de Génétique Guy Fontaine et Centre de Référence Maladies Rares "Anomalies Du Développement et Syndromes Malformatifs" Nord-Ouest, CHU Lille, Lille, France
Agnes Guichet - Plateau de Biochimie et Médecine Moléculaire, CHU d'Angers, Angers, France
Carine Abel - Service de Génétique, CHU de Lyon HCL - GH Nord-Hôpital de La Croix Rousse, Lyon, France
Godelieve Morel - Centre Hospitalier Universitaire de Rennes
Melanie Fradin - Service de Génétique Clinique, Centre de Référence "Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs" de l'Inter-région Ouest, CHU Rennes Hôpital Sud, Rennes, France
Bertrand Isidor - Centre Hospitalier Universitaire de Nantes
Marie Vincent - Service de Génétique Médicale, CHU de Nantes, Nantes, France
Christine Francannet - Service de Génétique Médicale, Pôle Femme et Enfant, CHU de Clermont-Ferrand, Clermont-Ferrand, France
Gabriella Vera - Clinique de Génétique Guy Fontaine et Centre de Référence Maladies Rares "Anomalies Du Développement et Syndromes Malformatifs" Nord-Ouest, CHU Lille, Lille, France
Florence Petit - Institut de génétique et de développement de Rennes
Mathilde Nizon - Service de Génétique Médicale, CHU de Nantes, Nantes, France
Constance Wells - Service de Génétique, CHU de Lyon HCL - GH Est-Hôpital Femme Mère Enfant, Bron, France
Mederic Jeanne - Service de Génétique, CHU de Tours, Tours, France
Caroline Deiller - Service de Génétique, CHU de Lyon HCL - GH Est-Hôpital Femme Mère Enfant, Bron, France
Alban Ziegler - Plateau de Biochimie et Médecine Moléculaire, CHU d'Angers, Angers, France
Manon Godin - Centre Hospitalier Universitaire de Caen Normandie
Pascale Saugier-Veber - Clinique de Génétique Guy Fontaine et Centre de Référence Maladies Rares "Anomalies Du Développement et Syndromes Malformatifs" Nord-Ouest, CHU Lille, Lille, France
Kevin Cassinari - Clinique de Génétique Guy Fontaine et Centre de Référence Maladies Rares "Anomalies Du Développement et Syndromes Malformatifs" Nord-Ouest, CHU Lille, Lille, France
Pierre Blanc - LBMMS SeqOIA - Laboratoire de biologie médicale multisites SeqOIA, Paris, France
Emmanuel Simon - Service de Gynécologie Obstétrique Médecine Fœtale et Stérilité Conjugale, Centre Hospitalier Universitaire Dijon Bourgogne, Dijon, France
Christine Binquet - Centre D'Investigation Clinique CIC-EC Inserm CIC1432, UFR des Sciences de Santé, Université de Bourgogne, Dijon, France
Yannis Duffourd - Université de Bourgogne
Hana Safraou - Université de Bourgogne
Anne-Sophie Denomme-Pichon - INSERM UMR 1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université́ de Bourgogne, Dijon, France
Antonio Vitobello - INSERM UMR 1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université́ de Bourgogne, Dijon, France
Christophe Philippe - INSERM UMR 1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université́ de Bourgogne, Dijon, France
Laurence Faivre - INSERM UMR 1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université́ de Bourgogne, Dijon, France
Frédéric Tran-Mau-Them - INSERM UMR 1231, Génétique des Anomalies du Développement, Université́ de Bourgogne, Dijon, France
Nicolas Bourgon - Hôpital Necker-Enfants Malades
Détails de publication: European journal of human genetics : EJHG, Vol.33(5), pp.675-682
Identifiants: 99158771909311
Unité académique: Physiologie et Médecine Expérimentale du coeur et des muscles - PhyMedExp
Langue: English
Type de ressource: Journal article