Abstract
Le régime alimentaire peut-être directement impliqué dans le déclin des espèces car la qualité et la quantité de proies sont des paramètres primordiaux pour la survie et la reproduction des individus. En effet, si les proies sont contaminées par des substances toxiques ou si leur abondance diminue, les populations de prédateurs seront menacées. Connaître le régime alimentaire des chiroptères est donc essentiel pour améliorer leur conservation. Dans cette étude, nous décrivons une méthode d’analyse du régime alimentaire des chauves-souris insectivores basée sur le metabarcoding, c’est-à-dire l’identification sans a priori des espèces présentes dans un échantillon, à partir du séquençage à haut débit de l’ADN qu’il contient. Nous avons tout d’abord validé son efficacité à partir de régimes alimentaires artificiels constitués de mélanges d’insectes connus. Puis, nous avons appliqué cette méthode sur plusieurs centaines d’échantillons de guano récoltés en Poitou-Charentes en 2015.Cela nous a permis d’une part de valider la possibilité d’identifier les 16 espèces de chauves-souris des sites d’études, et d’autre part de décrire leur régime alimentaire via la détection d’environ300 espèces d’Invertébrés en une seule analyse. Cette méthode d’identification « 2 en 1 » peut désormais être utilisée directement à partir de guano prélevé sur le sol pour répondre à des questions spécifiques portant sur l’écologie des chauves-souris. La description exhaustive de la variabilité interspécifique ou intra-spécifique, spatiale et temporelle, de leurs régimes alimentaires permettra en particulier de mieux comprendre les relations entre les mouvements des chauves-souris, le paysage et les ressources alimentaires ainsi que les relations entre l’éco toxicologie, la santé des chauves-souris et les ressources alimentaires. Au-delà de l’apport de cette méthode pour la biologie de la conservation des chauves-souris, il faut noter les applications potentielles pour la conservation des invertébrés, la santé humaine ou animale, ou l’agronomie. En effet cette approche permet de caractériser efficacement des espèces patrimoniales, des vecteurs de maladies, ainsi que des ravageurs et auxiliaires des cultures ingérés par les chauves-souris. Elle est un formidable atout pour la mise en place et l’évaluation de stratégies de chiro surveillance visant à établir des modes de gestion intégrée ou de lutte biologique en milieu agricole.