Oak genome reveals facets of long lifespan

Christophe Plomion; Jean-Marc Aury; Joelle Amselem; Thibault Leroy; Florent Murat; Sébastien Duplessis; Sébastien Faye; Nicolas Francillonne; Karine Labadie; Grégoire Le Provost; Isabelle Lesur Kupin; Jérôme Bartholome; Patricia Faivre-Rampant; Annegret Kohler; Jean-Charles Leplé; Nathalie Chantret; Jun Chen; Anne Dievart; Tina Alaeitabar; Valérie Barbe; Caroline Belser; Helene Berges; Catherine Bodenes; Marie-Béatrice Bogeat-Triboulot; Marie-Lara Bouffaud; Benjamin Brachi; Emilie Chancerel; David Cohen; Arnaud Couloux; Corinne da Silva; Carole Dossat; François Ehrenmann; Christine Gaspin; Jacqueline Grima Pettenati; Erwan Guichoux; Arnaud Hecker; Sylvie Herrmann; Philippe Hugueney; Irène Hummel; Christophe Klopp; Céline Lalanne; Martin Lascoux; Eric Lasserre; Arnaud Lemainque; Marie Laure Desprez-Loustau; Isabelle Luyten; Mohammed-Amin Madoui; Sophie Mangenot; Clémence Marchal; Florian Maumus; Jonathan Mercier; Célia Michotey; Olivier Panaud; Nathalie Picault; Nicolas Rouhier; Olivier Rué; Camille Rustenholz; Franck Salin; Marçal Soler; Mika Tarkka; Amandine Velt; Amy E. Zanne; Francis Martin; Patrick Wincker; Hadi Quesneville; Antoine Kremer; Jerome Salse

doi:10.1038/s41477-018-0172-3

Retour

Oak genome reveals facets of long lifespan

Article de revue

Avec comité de lecture

Oak genome reveals facets of long lifespan

Christophe Plomion, Jean-Marc Aury, Joelle Amselem, Thibault Leroy, Florent Murat, Sébastien Duplessis, Sébastien Faye, Nicolas Francillonne, Karine Labadie, Grégoire Le Provost, …

Nature plants, Vol.4(7), pp.440-452

01/07/2018

DOI: https://doi.org/10.1038/s41477-018-0172-3

PMID: 29915331

Résumé

Life Sciences

Oaks are an important part of our natural and cultural heritage. Not only are they ubiquitous in our most common landscapes1 but they have also supplied human societies with invaluable services, including food and shelter, since prehistoric times2. With 450 species spread throughout Asia, Europe and America3, oaks constitute a critical global renewable resource. The longevity of oaks (several hundred years) probably underlies their emblematic cultural and historical importance. Such long-lived sessile organisms must persist in the face of a wide range of abiotic and biotic threats over their lifespans. We investigated the genomic features associatedwith such a long lifespan by sequencing, assembling and annotating the oak genome. We then used the growing number of whole-genome sequences for plants (including tree and herbaceous species) to investigate the parallel evolution of genomic characteristics potentially underpinning tree longevity. A further consequence of the long lifespan of trees is their accumulation of somatic mutations during mitotic divisions of stem cells present in the shoot apical meristems. Empirical4 and modelling5 approaches have shown that intra-organismal genetic heterogeneity can be selected for6 and provides direct fitness benefits in the arms race with short-lived pests andpathogens through a patchwork of intra-organismal phenotypes7. However, there is no clear proof that large-statured trees consist of a genetic mosaic of clonally distinct cell lineages within and between branches. Through this case study of oak, we demonstrate the accumulation and transmission of somatic mutations and the expansion of disease-resistance gene families in trees.

Indicateurs

1 Consultations de la notice

Détails

Titre: Oak genome reveals facets of long lifespan
Créateurs - sans rôle: Christophe Plomion - Biodiversité, Gènes & Communautés
Jean-Marc Aury - Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
Joelle Amselem - Unité de Recherche Génomique Info
Thibault Leroy - Biodiversité, Gènes & Communautés
Florent Murat - Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales
Sébastien Duplessis - Interactions Arbres-Microorganismes
Sébastien Faye - Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
Nicolas Francillonne - Unité de Recherche Génomique Info
Karine Labadie - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
Grégoire Le Provost - Biodiversité, Gènes & Communautés
Isabelle Lesur Kupin - Biodiversité, Gènes & Communautés
Jérôme Bartholome - Biodiversité, Gènes & Communautés
Patricia Faivre-Rampant - Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux
Annegret Kohler - Interactions Arbres-Microorganismes
Jean-Charles Leplé - Biodiversité, Gènes & Communautés
Nathalie Chantret - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales
Jun Chen - Department of Ecology and Genetics [Uppsala]
Anne Dievart - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales
Tina Alaeitabar - Unité de Recherche Génomique Info
Valérie Barbe - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
Caroline Belser - Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
Helene Berges - Centre National de Ressources Génomiques Végétales
Catherine Bodenes - Biodiversité, Gènes & Communautés
Marie-Béatrice Bogeat-Triboulot - Santé de la vigne et qualité du vin
Marie-Lara Bouffaud - Helmholtz Zentrum für Umweltforschung = Helmholtz Centre for Environmental Research
Benjamin Brachi - Biodiversité, Gènes & Communautés
Emilie Chancerel - Biodiversité, Gènes & Communautés
David Cohen - Santé de la vigne et qualité du vin
Arnaud Couloux - Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
Corinne da Silva - Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
Carole Dossat - Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
François Ehrenmann - Biodiversité, Gènes & Communautés
Christine Gaspin - Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse
Jacqueline Grima Pettenati - LRSV-Régulation et Dynamique de la Formation du Bois
Erwan Guichoux - Biodiversité, Gènes & Communautés
Arnaud Hecker - Interactions Arbres-Microorganismes
Sylvie Herrmann - German Centre for Integrative Biodiversity Research
Philippe Hugueney - Santé de la vigne et qualité du vin
Irène Hummel - Santé de la vigne et qualité du vin
Christophe Klopp - Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse
Céline Lalanne - Biodiversité, Gènes & Communautés
Martin Lascoux - Department of Ecology and Genetics [Uppsala]
Eric Lasserre - Laboratoire Génome et développement des plantes
Arnaud Lemainque - Genoscope
Marie Laure Desprez-Loustau - Biodiversité, Gènes & Communautés
Isabelle Luyten - Unité de Recherche Génomique Info
Mohammed-Amin Madoui - Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
Sophie Mangenot - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
Clémence Marchal - Interactions Arbres-Microorganismes
Florian Maumus - Unité de Recherche Génomique Info
Jonathan Mercier - Laboratoire de Bioinformatique pour la Génomique et la Biodiversité
Célia Michotey - Unité de Recherche Génomique Info
Olivier Panaud - Laboratoire Génome et développement des plantes
Nathalie Picault - Laboratoire Génome et Développement des Plantes
Nicolas Rouhier - Interactions Arbres-Microorganismes
Olivier Rué - Unité de Mathématiques et Informatique Appliquées de Toulouse
Camille Rustenholz - Santé de la vigne et qualité du vin
Franck Salin - Biodiversité, Gènes & Communautés
Marçal Soler - Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales
Mika Tarkka - Helmholtz Zentrum für Umweltforschung = Helmholtz Centre for Environmental Research
Amandine Velt - Santé de la vigne et qualité du vin
Amy E. Zanne - George Washington University
Francis Martin - Interactions Arbres-Microorganismes
Patrick Wincker - Génomique métabolique
Hadi Quesneville - Unité de Recherche Génomique Info
Antoine Kremer - Biodiversité, Gènes & Communautés
Jerome Salse - Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales
Détails de publication: Nature plants, Vol.4(7), pp.440-452
Éditeur: Nature Publishing Group
Nombre de pages: 13
Identifiants: 99163824609311
Unité académique: Institut Amélioration Génétique & Adaptation des Plantes méditerranéennes & tropicales-AGAP
Langue: English
Type de ressource: Journal article