Molecular diagnosis of PIK3CA-related overgrowth spectrum (PROS) in 162 patients and recommendations for genetic testing.

Paul Kuentz; Judith Saint-Onge; Yannis Duffourd; Jean-Benoît Courcet; Virginie Carmignac; Thibaut Jouan; Arthur Sorlin; Claire Abasq Thomas; Juliette Albuisson; Jeanne Amiel; Daniel Amram; Stéphanie Arpin; Tania Attie-Bitach; Nadia Bahi-Buisson; Sébastien Barbarot; Genevieve Baujat; Didier Bessis; Olivia Boccara; Maryse Bonniere; Odile Boute; Anne-Claire Bursztejn; Christine Chiaverini; Valérie Cormier-Daire; Christine Coubes; Bruno Delobel; Patrick Edery; Salima El Chehadeh; Christine Francannet; David Genevieve; Alice Goldenberg; Damien Haye; Bertrand Isidor; Marie-Line Jacquemont; Philippe Khau van Kien; Didier Lacombe; Ludovic Martin; Jelena Martinovic; Annabel Maruani; Michèle Mathieu-Dramard; Juliette Mazereeuw-Hautier; Caroline Michot; Cyril Mignot; Juliette Miquel; Fanny Morice Picard; Florence Petit; Alice Phan; Massimiliano Rossi; Renaud Touraine; Alain Verloes; Marie Vincent; Catherine Vincent-Delorme; Sandra Whalen; Marjolaine Willems; Nathalie Marle; Daphne Lehalle; Julien Thevenon; Christel Thauvin-Robinet; Laurence Olivier-Faivre; Pierre Vabres; Jean-Baptiste Riviere

doi:10.1038/gim.2016.220

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Molecular diagnosis of PIK3CA-related overgrowth spectrum (PROS) in 162 patients and recommendations for genetic testing.

Article de revue

Open Access

Avec comité de lecture

Molecular diagnosis of PIK3CA-related overgrowth spectrum (PROS) in 162 patients and recommendations for genetic testing.

Paul Kuentz, Judith Saint-Onge, Yannis Duffourd, Jean-Benoît Courcet, Virginie Carmignac, Thibaut Jouan, Arthur Sorlin, Claire Abasq Thomas, Juliette Albuisson, Jeanne Amiel, …

Genetics in Medicine, Vol.19(9), pp.989-997

09/2017

DOI: https://doi.org/10.1038/gim.2016.220

PMID: 28151489

Résumé

PIK3CA

Molecular diagnosis

Mosaicism

Next-generation sequencing

PIK3CA related overgrowth spectrum

Postzygotic activating mutations of PIK3CA cause a wide range of mosaic disorders collectively referred to as PIK3CA-related overgrowth spectrum (PROS). We describe the diagnostic yield and characteristics of PIK3CA sequencing in PROS.METHODS:We performed ultradeep next-generation sequencing (NGS) of PIK3CA in various tissues from 162 patients referred to our clinical laboratory and assessed diagnostic yield by phenotype and tissue tested.RESULTS:We identified disease-causing mutations in 66.7% (108/162) of patients, with mutant allele levels as low as 1%. The diagnostic rate was higher (74%) in syndromic than in isolated cases (35.5%; P = 9.03 × 10-5). We identified 40 different mutations and found strong oncogenic mutations more frequently in patients without brain overgrowth (50.6%) than in those with brain overgrowth (15.2%; P = 0.00055). Mutant allele levels were higher in skin and overgrown tissues than in blood and buccal samples (P = 3.9 × 10-25), regardless of the phenotype.CONCLUSION:Our data demonstrate the value of ultradeep NGS for molecular diagnosis of PROS, highlight its substantial allelic heterogeneity, and confirm that optimal diagnosis requires fresh skin or surgical samples from affected regions. Our findings may be of value in guiding future recommendations for genetic testing in PROS and other mosaic conditions

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Détails

Titre: Molecular diagnosis of PIK3CA-related overgrowth spectrum (PROS) in 162 patients and recommendations for genetic testing.
Créateurs - sans rôle: Paul Kuentz - Fédération Hospitalo-Universitaire, Paris Center for Microbiome Medicine
Judith Saint-Onge - Centre de recherche Translationnelle en Médecine moléculaire
Yannis Duffourd - Université de Bourgogne
Jean-Benoît Courcet - Centre de recherche Translationnelle en Médecine moléculaire
Virginie Carmignac - Université de Bourgogne
Thibaut Jouan - Centre de recherche Translationnelle en Médecine moléculaire
Arthur Sorlin - CHU Dijon Bourgogne
Claire Abasq Thomas - Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest
Juliette Albuisson - Hôpital Européen Georges-Pompidou
Jeanne Amiel - Hôpital Necker-Enfants Malades
Daniel Amram - Hôpital Intercommunal de Créteil
Stéphanie Arpin - Centre Hospitalier Universitaire de Tours
Tania Attie-Bitach - Hôpital Necker-Enfants Malades
Nadia Bahi-Buisson - Hôpital Necker-Enfants Malades
Sébastien Barbarot - Centre Hospitalier Universitaire de Nantes
Genevieve Baujat - Hôpital Necker-Enfants Malades
Didier Bessis - Centre Hospitalier Universitaire de Montpellier
Olivia Boccara - Sorbonne Paris Cité
Maryse Bonniere - Hôpital Necker-Enfants Malades
Odile Boute - Centre Hospitalier Universitaire de Lille
Anne-Claire Bursztejn - Service de Dermatologie et Allergologie [CHRU Nancy]
Christine Chiaverini - Centre Hospitalier Universitaire de Nice
Valérie Cormier-Daire - Hôpital Necker-Enfants Malades
Christine Coubes - Département de génétique médicale, maladies rares et médecine personnalisée [CHU Montpellier]
Bruno Delobel - Groupe Hospitalier de l'Institut Catholique de Lille
Patrick Edery - Centre National de la Recherche Scientifique
Salima El Chehadeh - Hôpitaux Universitaires de Strasbourg
Christine Francannet - Centre Hospitalier Universitaire de Clermont-Ferrand
David Genevieve - Institute for Regenerative Medicine & Biotherapy
Alice Goldenberg - Université de Rouen Normandie
Damien Haye - Centre Hospitalier Universitaire de Tours
Bertrand Isidor - Génétique Médicale & Génomique Fonctionelle
Marie-Line Jacquemont - Service de Génétique [CHU La Réunion]
Philippe Khau van Kien - Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes
Didier Lacombe - Université de Bordeaux
Ludovic Martin - Centre Hospitalier Universitaire d'Angers
Jelena Martinovic - Hôpital Antoine-Béclère
Annabel Maruani - Université de Tours
Michèle Mathieu-Dramard - Centre Hospitalier Universitaire Amiens-Picardie
Juliette Mazereeuw-Hautier - Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse
Caroline Michot - Hôpital Necker-Enfants Malades
Cyril Mignot - Sorbonne Université
Juliette Miquel - Centre Hospitalier Universitaire de La Réunion
Fanny Morice Picard - Maladies Rares: Génétique et Métabolisme
Florence Petit - Centre Hospitalier Universitaire de Lille
Alice Phan - Hôpital Lyon Sud
Massimiliano Rossi - Université Claude Bernard Lyon 1
Renaud Touraine - Institute Cancer De La Loire Lucien Neuwirth
Alain Verloes - Hôpital Robert-Debré
Marie Vincent - Génétique Médicale & Génomique Fonctionelle
Catherine Vincent-Delorme - Centre Hospitalier Universitaire de Lille
Sandra Whalen - Sorbonne Université
Marjolaine Willems - Département de génétique médicale, maladies rares et médecine personnalisée [CHU Montpellier]
Nathalie Marle - CHU Dijon Bourgogne
Daphne Lehalle - Université de Bourgogne
Julien Thevenon - Université Bourgogne Franche-Comté
Christel Thauvin-Robinet - Université de Bourgogne
Laurence Olivier-Faivre - Centre de génétique - Centre de référence des maladies rares, anomalies du développement et syndromes malformatifs (CHU de Dijon)
Pierre Vabres - Fédération Hospitalo-Universitaire, Paris Center for Microbiome Medicine
Jean-Baptiste Riviere - Fédération Hospitalo-Universitaire, Paris Center for Microbiome Medicine
Détails de publication: Genetics in Medicine, Vol.19(9), pp.989-997
Identifiants: 99153166009311
Unité académique: Cell souches plasticité cellul régénérat tissulaire immuno des maladies inflamm - IRMB
Langue: English
Type de ressource: Journal article
Champs locaux: hal-01560452