Résumé
Numerous methods can be used in intraspecific phylogeographic studies to infer the evolutionary mechanisms that shaped observed genetic variation in populations. However, these methods are scarcely used jointly, and the evolutionary outcomes they could propose are not fully compared. In this study, using a chub (
Leuciscus cephalus; Cyprinidae) mitochondrial DNA data set (13 populations in Western Greece, 14 haplotypes), we compare three distinct ‘historical’ methods that could possibly infer relative importance of basic evolutionary mechanisms (isolation vs migration) shaping genetic variation: the nested clade analysis, the
Ψ-test and the ‘mismatch distributions’. Taking together, interpretations of these analyses allow to draw a picture of the evolutionary history of chub in Western Greece based on isolation and genetic drift for higher clades. However, results issued each method can differ for low differentiated clades. We discuss such differences and suggest that methods should be used jointly in phylogeographic studies for a better evaluation of the evolutionary mechanisms that shaped genetic variation.
De nombreuses méthodes peuvent être utilisées en phylogéographie intraspécifique pour analyser les mécanismes évolutifs à l’origine de la variabilité génétique observée dans les populations. Cependant, les résultats issus de ces méthodes ainsi que les interprétations phylogénétiques en découlant sont rarement comparés. Utilisant un jeu de données (treize populations de Grèce occidentale et quatorze haplotypes) portant sur l’ADN mitochondrial du chevesne (
Leuciscus cephalus ; Cyprinidae), nous comparons ici trois méthodes « historiques » permettant de rendre compte de certains mécanismes évolutifs majeurs (isolement, migration) responsables de la variabilité génétique : l’analyse cladistique hiérarchisée, le test
Ψ et les ‘distributions mismatch’. L’interprétation de ces analyses permet de proposer une image de l’histoire évolutive du chevesne en Grèce occidentale fondée sur des mécanismes d’isolement ainsi que sur la dérive génétique pour les clades majeurs. Les résultats de ces analyses diffèrent cependant pour les clades peu différenciés. Nous discutons ces différences et suggérons que ces méthodes soient utilisées de façon complémentaire dans les études de phylogéographie intraspécifique pour mieux évaluer les rôles respectifs des divers mécanismes évolutifs.