Genomic Exploration of the Hemiascomycetous Yeasts: 3. Methods and strategies used for sequence analysis and annotation

Fredj Tekaia; Gaëlle Blandin; Alain Malpertuy; Bertrand Llorente; Pascal Durrens; Claire Toffano-Nioche; Odile Ozier-Kalogeropoulos; Elisabeth Bon; Claude Gaillardin; Michel Aigle; Monique Bolotin-Fukuhara; Serge Casarégola; Jacky de Montigny; Andrée Lépingle; Cécile Neuvéglise; Serge Potier; Jean-Luc Souciet; Micheline Wésolowski-Louvel; Bernard Dujon

doi:10.1016/S0014-5793(00)02274-2

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Genomic Exploration of the Hemiascomycetous Yeasts: 3. Methods and strategies used for sequence analysis and annotation

Article de revue

Avec comité de lecture

Genomic Exploration of the Hemiascomycetous Yeasts: 3. Methods and strategies used for sequence analysis and annotation

Fredj Tekaia, Gaëlle Blandin, Alain Malpertuy, Bertrand Llorente, Pascal Durrens, Claire Toffano-Nioche, Odile Ozier-Kalogeropoulos, Elisabeth Bon, Claude Gaillardin, Michel Aigle, …

FEBS letters, Vol.487(1), pp.17-30

22/12/2000

DOI: https://doi.org/10.1016/S0014-5793(00)02274-2

PMID: 11152878

Résumé

Alignment

Contig

Genetic code

Mitochondrion

Plasmid

Protein

rDNA

RSCU

tRNA

The primary analysis of the sequences for our Hemiascomycete random sequence tag (RST) project was performed using a combination of classical methods for sequence comparison and contig assembly, and of specifically written scripts and computer visualization routines. Comparisons were performed first against DNA and protein sequences from Saccharomyces cerevisiae, then against protein sequences from other completely sequenced organisms and, finally, against protein sequences from all other organisms. Blast alignments were individually inspected to help recognize genes within our random genomic sequences despite the fact that only parts of them were available. For each yeast species, validated alignments were used to infer the proper genetic code, to determine codon usage preferences and to calculate their degree of sequence divergence with S. cerevisiae. The quality of each genomic library was monitored from contig analysis of the DNA sequences. Annotated sequences were submitted to the EMBL database, and the general annotation tables produced served as a basis for our comparative description of the evolution, redundancy and function of the Hemiascomycete genomes described in other articles of this issue.

Indicateurs

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Détails

Titre: Genomic Exploration of the Hemiascomycetous Yeasts: 3. Methods and strategies used for sequence analysis and annotation
Créateurs - sans rôle: Fredj Tekaia - Unité de Génétique Moléculaire des Levures (URA 2171 CNRS and UFR927 Univ. P.M. Curie), Institut Pasteur, 25, Rue du Dr Roux, F-75724 Paris Cedex 15, France
Gaëlle Blandin - Institut Pasteur
Alain Malpertuy - Unité de Génétique Moléculaire des Levures (URA 2171 CNRS and UFR927 Univ. P.M. Curie), Institut Pasteur, 25, Rue du Dr Roux, F-75724 Paris Cedex 15, France
Bertrand Llorente - Institut Pasteur
Pascal Durrens - Laboratoire de Biologie Cellulaire de la Levure, IBGC, 1 rue Camille Saint-Saens, F-33077 Bordeaux Cedex, France
Claire Toffano-Nioche - Institut de Génétique Moléculaire (CNRS/UPS UMR 8621), Batiment 400, Université de Paris Sud, F-91405 Orsay, France
Odile Ozier-Kalogeropoulos - Unité de Génétique Moléculaire des Levures (URA 2171 CNRS and UFR927 Univ. P.M. Curie), Institut Pasteur, 25, Rue du Dr Roux, F-75724 Paris Cedex 15, France
Elisabeth Bon - Collection de Levures d’Intérêt Biotechnologique, Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire (INRA UMR 216, CNRS URA 1925) INA-PG, BP 01, F-78850 Thiverval-Grignon, France
Claude Gaillardin - Collection de Levures d’Intérêt Biotechnologique, Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire (INRA UMR 216, CNRS URA 1925) INA-PG, BP 01, F-78850 Thiverval-Grignon, France
Michel Aigle - Laboratoire de Biologie Cellulaire de la Levure, IBGC, 1 rue Camille Saint-Saens, F-33077 Bordeaux Cedex, France
Monique Bolotin-Fukuhara - Institut de Génétique Moléculaire (CNRS/UPS UMR 8621), Batiment 400, Université de Paris Sud, F-91405 Orsay, France
Serge Casarégola - Collection de Levures d’Intérêt Biotechnologique, Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire (INRA UMR 216, CNRS URA 1925) INA-PG, BP 01, F-78850 Thiverval-Grignon, France
Jacky de Montigny - Laboratoire de Génétique et Microbiologie (ULP/CNRS UPRES-A 7010), Institut de Botanique, 28 rue Goethe, Strasbourg Cedex, France
Andrée Lépingle - Collection de Levures d’Intérêt Biotechnologique, Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire (INRA UMR 216, CNRS URA 1925) INA-PG, BP 01, F-78850 Thiverval-Grignon, France
Cécile Neuvéglise - Collection de Levures d’Intérêt Biotechnologique, Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire (INRA UMR 216, CNRS URA 1925) INA-PG, BP 01, F-78850 Thiverval-Grignon, France
Serge Potier - Laboratoire de Génétique et Microbiologie (ULP/CNRS UPRES-A 7010), Institut de Botanique, 28 rue Goethe, Strasbourg Cedex, France
Jean-Luc Souciet - Laboratoire de Génétique et Microbiologie (ULP/CNRS UPRES-A 7010), Institut de Botanique, 28 rue Goethe, Strasbourg Cedex, France
Micheline Wésolowski-Louvel - Microbiologie et Génétique (CNRS/UCB/INSA ERS 2009), Bat. 405 R2, Université Lyon I, F-69622 Villeurbanne Cedex, France
Bernard Dujon - Unité de Génétique Moléculaire des Levures (URA 2171 CNRS and UFR927 Univ. P.M. Curie), Institut Pasteur, 25, Rue du Dr Roux, F-75724 Paris Cedex 15, France
Détails de publication: FEBS letters, Vol.487(1), pp.17-30
Éditeur: Elsevier B.V
Nombre de pages: 14
Identifiants: 99158697609311
Unité académique: Sciences pour l'oenologie - SPO
Langue: English
Type de ressource: Journal article