Genomic Exploration of the Hemiascomycetous Yeasts: 19. Ascomycetes-specific genes

Alain Malpertuy; Fredj Tekaia; Serge Casarégola; Michel Aigle; Francois Artiguenave; Gaëlle Blandin; Monique Bolotin-Fukuhara; Elisabeth Bon; Philippe Brottier; Jacky de Montigny; Pascal Durrens; Claude Gaillardin; Andrée Lépingle; Bertrand Llorente; Cécile Neuvéglise; Odile Ozier-Kalogeropoulos; Serge Potier; William Saurin; Claire Toffano-Nioche; Micheline Wésolowski-Louvel; Patrick Wincker; Jean Weissenbach; Jean-Luc Souciet; Bernard Dujon

doi:10.1016/S0014-5793(00)02290-0

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Genomic Exploration of the Hemiascomycetous Yeasts: 19. Ascomycetes-specific genes

Article de revue

Avec comité de lecture

Genomic Exploration of the Hemiascomycetous Yeasts: 19. Ascomycetes-specific genes

Alain Malpertuy, Fredj Tekaia, Serge Casarégola, Michel Aigle, Francois Artiguenave, Gaëlle Blandin, Monique Bolotin-Fukuhara, Elisabeth Bon, Philippe Brottier, Jacky de Montigny, …

FEBS letters, Vol.487(1), pp.113-121

22/12/2000

DOI: https://doi.org/10.1016/S0014-5793(00)02290-0

PMID: 11152894

Résumé

Gene number

Maverick

Novel gene

Orphan

Questionable open reading frame

Comparisons of the 6213 predicted Saccharomyces cerevisiae open reading frame (ORF) products with sequences from organisms of other biological phyla differentiate genes commonly conserved in evolution from ‘maverick’ genes which have no homologue in phyla other than the Ascomycetes. We show that a majority of the ‘maverick’ genes have homologues among other yeast species and thus define a set of 1892 genes that, from sequence comparisons, appear ‘Ascomycetes-specific’. We estimate, retrospectively, that the S. cerevisiae genome contains 5651 actual protein-coding genes, 50 of which were identified for the first time in this work, and that the present public databases contain 612 predicted ORFs that are not real genes. Interestingly, the sequences of the ‘Ascomycetes-specific’ genes tend to diverge more rapidly in evolution than that of other genes. Half of the ‘Ascomycetes-specific’ genes are functionally characterized in S. cerevisiae, and a few functional categories are over-represented in them.

Indicateurs

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Détails

Titre: Genomic Exploration of the Hemiascomycetous Yeasts: 19. Ascomycetes-specific genes
Créateurs - sans rôle: Alain Malpertuy - Unité de Génétique Moléculaire des Levures, URA 2171 CNRS and UFR927 Université P. et M. Curie, Institut Pasteur, 25 Rue du Dr Roux, F-75724 Paris Cedex 15, France
Fredj Tekaia - Unité de Génétique Moléculaire des Levures, URA 2171 CNRS and UFR927 Université P. et M. Curie, Institut Pasteur, 25 Rue du Dr Roux, F-75724 Paris Cedex 15, France
Serge Casarégola - Collection de Levures d’Intéret Biotechnologique, Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire, INRA UMR216, CNRS URA1925, INA-PG, BP01, F-78850 Thiverval-Grignon, France
Michel Aigle - Laboratoire de Biologie cellulaire de la Levure, IBGC, 1 rue Camille Saint-Saens, F-33077 Bordeaux Cedex, France
Francois Artiguenave - Génoscope, Centre National de Séquenage, 2 rue Gaston Crémieux, BP191, Evry Cedex, France
Gaëlle Blandin - Institut Pasteur
Monique Bolotin-Fukuhara - Institut de Génétique Moléculaire, CNRS/UPS UMR 8621, Batiment 400, Université de Paris Sud, F-91405 Orsay, France
Elisabeth Bon - Collection de Levures d’Intéret Biotechnologique, Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire, INRA UMR216, CNRS URA1925, INA-PG, BP01, F-78850 Thiverval-Grignon, France
Philippe Brottier - Génoscope, Centre National de Séquenage, 2 rue Gaston Crémieux, BP191, Evry Cedex, France
Jacky de Montigny - Laboratoire de Génétique et Microbiologie, UPRES-A 7010 ULP/CNRS, Institut de Botanique, 28 rue Goethe, F-67000 Strasbourg Cedex, France
Pascal Durrens - Laboratoire de Biologie cellulaire de la Levure, IBGC, 1 rue Camille Saint-Saens, F-33077 Bordeaux Cedex, France
Claude Gaillardin - Collection de Levures d’Intéret Biotechnologique, Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire, INRA UMR216, CNRS URA1925, INA-PG, BP01, F-78850 Thiverval-Grignon, France
Andrée Lépingle - Collection de Levures d’Intéret Biotechnologique, Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire, INRA UMR216, CNRS URA1925, INA-PG, BP01, F-78850 Thiverval-Grignon, France
Bertrand Llorente - Institut Pasteur
Cécile Neuvéglise - Collection de Levures d’Intéret Biotechnologique, Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire, INRA UMR216, CNRS URA1925, INA-PG, BP01, F-78850 Thiverval-Grignon, France
Odile Ozier-Kalogeropoulos - Unité de Génétique Moléculaire des Levures, URA 2171 CNRS and UFR927 Université P. et M. Curie, Institut Pasteur, 25 Rue du Dr Roux, F-75724 Paris Cedex 15, France
Serge Potier - Laboratoire de Génétique et Microbiologie, UPRES-A 7010 ULP/CNRS, Institut de Botanique, 28 rue Goethe, F-67000 Strasbourg Cedex, France
William Saurin - Génoscope, Centre National de Séquenage, 2 rue Gaston Crémieux, BP191, Evry Cedex, France
Claire Toffano-Nioche - Institut de Génétique Moléculaire, CNRS/UPS UMR 8621, Batiment 400, Université de Paris Sud, F-91405 Orsay, France
Micheline Wésolowski-Louvel - Microbiologie et Génétique, CNRS/UCB/INSA ERS 2009, Bat. 405 R2, Université Lyon I, F-69622 Villeurbanne Cedex, France
Patrick Wincker - Génoscope, Centre National de Séquenage, 2 rue Gaston Crémieux, BP191, Evry Cedex, France
Jean Weissenbach - Génoscope, Centre National de Séquenage, 2 rue Gaston Crémieux, BP191, Evry Cedex, France
Jean-Luc Souciet - Laboratoire de Génétique et Microbiologie, UPRES-A 7010 ULP/CNRS, Institut de Botanique, 28 rue Goethe, F-67000 Strasbourg Cedex, France
Bernard Dujon - Unité de Génétique Moléculaire des Levures, URA 2171 CNRS and UFR927 Université P. et M. Curie, Institut Pasteur, 25 Rue du Dr Roux, F-75724 Paris Cedex 15, France
Détails de publication: FEBS letters, Vol.487(1), pp.113-121
Éditeur: Elsevier B.V
Nombre de pages: 9
Identifiants: 99158592309311
Unité académique: Sciences pour l'oenologie - SPO
Langue: English
Type de ressource: Journal article