Genomic Exploration of the Hemiascomycetous Yeasts: 21. Comparative functional classification of genes

Claude Gaillardin; Guillemette Duchateau-Nguyen; Fredj Tekaia; Bertrand Llorente; Serge Casaregola; Claire Toffano-Nioche; Michel Aigle; François Artiguenave; Gaëlle Blandin; Monique Bolotin-Fukuhara; Elisabeth Bon; Philippe Brottier; Jacky de Montigny; Bernard Dujon; Pascal Durrens; Andrée Lépingle; Alain Malpertuy; Cécile Neuvéglise; Odile Ozier-Kalogéropoulos; Serge Potier; William Saurin; Michel Termier; Micheline Wésolowski-Louvel; Patrick Wincker; Jean-Luc Souciet; Jean Weissenbach

doi:10.1016/S0014-5793(00)02292-4

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Genomic Exploration of the Hemiascomycetous Yeasts: 21. Comparative functional classification of genes

Article de revue

Avec comité de lecture

Genomic Exploration of the Hemiascomycetous Yeasts: 21. Comparative functional classification of genes

Claude Gaillardin, Guillemette Duchateau-Nguyen, Fredj Tekaia, Bertrand Llorente, Serge Casaregola, Claire Toffano-Nioche, Michel Aigle, François Artiguenave, Gaëlle Blandin, Monique Bolotin-Fukuhara, …

FEBS letters, Vol.487(1), pp.134-149

22/12/2000

DOI: https://doi.org/10.1016/S0014-5793(00)02292-4

PMID: 11152896

Résumé

Biodiversity

Gene family

Pathway

Speciation

We explored the biological diversity of hemiascomycetous yeasts using a set of 22 000 newly identified genes in 13 species through BLASTX searches. Genes without clear homologue in Saccharomyces cerevisiae appeared to be conserved in several species, suggesting that they were recently lost by S. cerevisiae. They often identified well-known species-specific traits. Cases of gene acquisition through horizontal transfer appeared to occur very rarely if at all. All identified genes were ascribed to functional classes. Functional classes were differently represented among species. Species classification by functional clustering roughly paralleled rDNA phylogeny. Unequal distribution of rapidly evolving, ascomycete-specific, genes among species and functions was shown to contribute strongly to this clustering. A few cases of gene family amplification were documented, but no general correlation could be observed between functional differentiation of yeast species and variations of gene family sizes. Yeast biological diversity seems thus to result from limited species-specific gene losses or duplications, and for a large part from rapid evolution of genes and regulatory factors dedicated to specific functions.

Indicateurs

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Détails

Titre: Genomic Exploration of the Hemiascomycetous Yeasts: 21. Comparative functional classification of genes
Créateurs - sans rôle: Claude Gaillardin - Collection de Levures d’Intérêt Biotechnologique, Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire, INRA UMR 216, CNRS URA 1925, INA-PG, BP01, F-78850 Thiverval-Grignon, France
Guillemette Duchateau-Nguyen - Informatique et Génomes, Institut de Génétique et Microbiologie, Université de Paris Sud, F-91405 Orsay, France
Fredj Tekaia - Unité de Génétique Moléculaire des Levures, Institut Pasteur/URA2171 CNRS and UFR925 Université Pierre et Marie Curie, Institut Pasteur, 25 rue du Docteur Roux, 75724 Paris Cedex 15, France
Bertrand Llorente - Unité de Génétique Moléculaire des Levures, Institut Pasteur/URA2171 CNRS and UFR925 Université Pierre et Marie Curie, Institut Pasteur, 25 rue du Docteur Roux, 75724 Paris Cedex 15, France
Serge Casaregola - Collection de Levures d’Intérêt Biotechnologique, Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire, INRA UMR 216, CNRS URA 1925, INA-PG, BP01, F-78850 Thiverval-Grignon, France
Claire Toffano-Nioche - Informatique et Génomes, Institut de Génétique et Microbiologie, Université de Paris Sud, F-91405 Orsay, France
Michel Aigle - Laboratoire de Biologie Cellulaire de la Levure, IBGC, 1 rue Camille Saint-Säens, F-33077 Bordeaux Cedex, France
François Artiguenave - Genoscope, Centre National de Séquençage, 2 rue Gaston Crémieux, F-91006 Evry Cedex, France
Gaëlle Blandin - Unité de Génétique Moléculaire des Levures, Institut Pasteur/URA2171 CNRS and UFR925 Université Pierre et Marie Curie, Institut Pasteur, 25 rue du Docteur Roux, 75724 Paris Cedex 15, France
Monique Bolotin-Fukuhara - Informatique et Génomes, Institut de Génétique et Microbiologie, Université de Paris Sud, F-91405 Orsay, France
Elisabeth Bon - Collection de Levures d’Intérêt Biotechnologique, Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire, INRA UMR 216, CNRS URA 1925, INA-PG, BP01, F-78850 Thiverval-Grignon, France
Philippe Brottier - Genoscope, Centre National de Séquençage, 2 rue Gaston Crémieux, F-91006 Evry Cedex, France
Jacky de Montigny - Laboratoire de Génétique et Microbiologie, UPRES-A 7010 ULP/CNRS, Institut de Botanique, 28 rue Goethe, F-67000 Strasbourg, France
Bernard Dujon - Unité de Génétique Moléculaire des Levures, Institut Pasteur/URA2171 CNRS and UFR925 Université Pierre et Marie Curie, Institut Pasteur, 25 rue du Docteur Roux, 75724 Paris Cedex 15, France
Pascal Durrens - Laboratoire de Biologie Cellulaire de la Levure, IBGC, 1 rue Camille Saint-Säens, F-33077 Bordeaux Cedex, France
Andrée Lépingle - Collection de Levures d’Intérêt Biotechnologique, Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire, INRA UMR 216, CNRS URA 1925, INA-PG, BP01, F-78850 Thiverval-Grignon, France
Alain Malpertuy - Unité de Génétique Moléculaire des Levures, Institut Pasteur/URA2171 CNRS and UFR925 Université Pierre et Marie Curie, Institut Pasteur, 25 rue du Docteur Roux, 75724 Paris Cedex 15, France
Cécile Neuvéglise - Collection de Levures d’Intérêt Biotechnologique, Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire, INRA UMR 216, CNRS URA 1925, INA-PG, BP01, F-78850 Thiverval-Grignon, France
Odile Ozier-Kalogéropoulos - Unité de Génétique Moléculaire des Levures, Institut Pasteur/URA2171 CNRS and UFR925 Université Pierre et Marie Curie, Institut Pasteur, 25 rue du Docteur Roux, 75724 Paris Cedex 15, France
Serge Potier - Laboratoire de Génétique et Microbiologie, UPRES-A 7010 ULP/CNRS, Institut de Botanique, 28 rue Goethe, F-67000 Strasbourg, France
William Saurin - Genoscope, Centre National de Séquençage, 2 rue Gaston Crémieux, F-91006 Evry Cedex, France
Michel Termier - Informatique et Génomes, Institut de Génétique et Microbiologie, Université de Paris Sud, F-91405 Orsay, France
Micheline Wésolowski-Louvel - Microbiologie et Génétique ERS 2009, CNRS/UCB/INSA, bat. 405 R2, Université Lyon I, 43 boulevard du 11 novembre 1918, F-69622 Villeurbanne Cedex, France
Patrick Wincker - Genoscope, Centre National de Séquençage, 2 rue Gaston Crémieux, F-91006 Evry Cedex, France
Jean-Luc Souciet - Laboratoire de Génétique et Microbiologie, UPRES-A 7010 ULP/CNRS, Institut de Botanique, 28 rue Goethe, F-67000 Strasbourg, France
Jean Weissenbach - Genoscope, Centre National de Séquençage, 2 rue Gaston Crémieux, F-91006 Evry Cedex, France
Détails de publication: FEBS letters, Vol.487(1), pp.134-149
Éditeur: Elsevier B.V
Nombre de pages: 16
Identifiants: 99158585009311
Unité académique: Sciences pour l'oenologie - SPO
Langue: English
Type de ressource: Journal article