Genome evolution in yeasts

Bernard Dujon; David Sherman; Gilles Fischer; Pascal Durrens; Serge Casaregola; Ingrid Lafontaine; Jacky de Montigny; Christian Marck; Cécile Neuvéglise; Emmanuel Talla; Nicolas Goffard; Lionel Frangeul; Michel Aigle; Véronique Anthouard; Anna Babour; Valérie Barbe; Stéphanie Barnay; Sylvie Blanchin; Jean-Marie Beckerich; Emmanuelle Beyne; Claudine Bleykasten; Anita Boisramé; Jeanne Boyer; Laurence Cattolico; Fabrice Confanioleri; Antoine de Daruvar; Laurence Despons; Emmanuelle Fabre; Cécile Fairhead; Hélène Ferry-Dumazet; Alexis Groppi; Florence Hantraye; Christophe Hennequin; Nicolas Jauniaux; Philippe Joyet; Rym Kachouri; Alix Kerrest; Romain Koszul; Marc Lemaire; Isabelle Lesur; Laurence Ma; Héloïse Muller; Jean-Marc Nicaud; Macha Nikolski; Sophie Oztas; Odile Ozier-Kalogeropoulos; Stefan Pellenz; Serge Potier; Guy-Franck Richard; Marie-Laure Straub; Audrey Suleau; Dominique Swennen; Fredj Tekaia; Micheline Wésolowski-Louvel; Eric Westhof; Bénédicte Wirth; Maria Zeniou-Meyer; Ivan Zivanovic; Monique Bolotin-Fukuhara; Agnès Thierry; Christiane Bouchier; Bernard Caudron; Claude Scarpelli; Claude Gaillardin; Jean Weissenbach; Patrick Wincker; Jean-Luc Souciet

doi:10.1038/nature02579

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Article de revue

Avec comité de lecture

Genome evolution in yeasts

Bernard Dujon, David Sherman, Gilles Fischer, Pascal Durrens, Serge Casaregola, Ingrid Lafontaine, Jacky de Montigny, Christian Marck, Cécile Neuvéglise, Emmanuel Talla, …

Nature (London), Vol.430(6995), pp.35-44

01/07/2004

DOI: https://doi.org/10.1038/nature02579

PMID: 15229592

Résumé

Biochemistry, Molecular Biology

Chromosomes, Fungal

Conserved Sequence

Evolution, Molecular

Gene Duplication

Genes, Fungal

Genome, Fungal

Life Sciences

Molecular Sequence Data

Research Support, Non-U.S. Gov't

RNA, Ribosomal

RNA, Transfer

Saccharomyces cerevisiae Proteins

Synteny

Tandem Re

Tandem Repeat Sequences

Yeasts

Identifying the mechanisms of eukaryotic genome evolution by comparative genomics is often complicated by the multiplicity of events that have taken place throughout the history of individual lineages, leaving only distorted and superimposed traces in the genome of each living organism. The hemiascomycete yeasts, with their compact genomes, similar lifestyle and distinct sexual and physiological properties, provide a unique opportunity to explore such mechanisms. We present here the complete, assembled genome sequences of four yeast species, selected to represent a broad evolutionary range within a single eukaryotic phylum, that after analysis proved to be molecularly as diverse as the entire phylum of chordates. A total of approximately 24,200 novel genes were identified, the translation products of which were classified together with Saccharomyces cerevisiae proteins into about 4,700 families, forming the basis for interspecific comparisons. Analysis of chromosome maps and genome redundancies reveal that the different yeast lineages have evolved through a marked interplay between several distinct molecular mechanisms, including tandem gene repeat formation, segmental duplication, a massive genome duplication and extensive gene loss.

Indicateurs

1 Consultations de la notice

Détails

Titre: Genome evolution in yeasts
Créateurs - sans rôle: Bernard Dujon - Génétique Moléculaire des Levures
David Sherman - Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique
Gilles Fischer - Génétique Moléculaire des Levures
Pascal Durrens - Centre de Bioinformatique de Bordeaux
Serge Casaregola - Collection de Levures d'Intérêt Biotechnologique et Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire
Ingrid Lafontaine - Génétique Moléculaire des Levures
Jacky de Montigny - Dynamique, évolution et expression de génomes de microorganismes
Christian Marck - Service de Biochimie
Cécile Neuvéglise - Collection de Levures d'Intérêt Biotechnologique et Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire
Emmanuel Talla - Génétique Moléculaire des Levures
Nicolas Goffard - Centre de Bioinformatique de Bordeaux
Lionel Frangeul - Génomique (Plate-Forme) - Genomics Platform
Michel Aigle - Institut de biochimie et génétique cellulaires
Véronique Anthouard - Génomique métabolique
Anna Babour - Collection de Levures d'Intérêt Biotechnologique et Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire
Valérie Barbe - Génomique métabolique
Stéphanie Barnay - Collection de Levures d'Intérêt Biotechnologique et Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire
Sylvie Blanchin - Collection de Levures d'Intérêt Biotechnologique et Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire
Jean-Marie Beckerich - Collection de Levures d'Intérêt Biotechnologique et Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire
Emmanuelle Beyne - Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique
Claudine Bleykasten - Dynamique, évolution et expression de génomes de microorganismes
Anita Boisramé - Collection de Levures d'Intérêt Biotechnologique et Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire
Jeanne Boyer - Génétique Moléculaire des Levures
Laurence Cattolico - Génomique métabolique
Fabrice Confanioleri - Institut de génétique et microbiologie [Orsay]
Antoine de Daruvar - Centre de Bioinformatique de Bordeaux
Laurence Despons - Dynamique, évolution et expression de génomes de microorganismes
Emmanuelle Fabre - Génétique Moléculaire des Levures
Cécile Fairhead - Génétique Moléculaire des Levures
Hélène Ferry-Dumazet - Centre de Bioinformatique de Bordeaux
Alexis Groppi - Centre de Bio-Informatique
Florence Hantraye - Génétique des Interactions Macromoléculaires
Christophe Hennequin - Génétique Moléculaire des Levures
Nicolas Jauniaux - Dynamique, évolution et expression de génomes de microorganismes
Philippe Joyet - Collection de Levures d'Intérêt Biotechnologique et Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire
Rym Kachouri
Alix Kerrest - Génétique Moléculaire des Levures
Romain Koszul - Génétique Moléculaire des Levures
Marc Lemaire - Unité de Microbiologie et génétique
Isabelle Lesur - Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique
Laurence Ma - Génomique (Plate-Forme) - Genomics Platform
Héloïse Muller - Génétique Moléculaire des Levures
Jean-Marc Nicaud - Collection de Levures d'Intérêt Biotechnologique et Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire
Macha Nikolski - Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique
Sophie Oztas - Génomique métabolique
Odile Ozier-Kalogeropoulos - Génétique Moléculaire des Levures
Stefan Pellenz - Génétique Moléculaire des Levures
Serge Potier - Dynamique, évolution et expression de génomes de microorganismes
Guy-Franck Richard - Génétique Moléculaire des Levures
Marie-Laure Straub - Dynamique, évolution et expression de génomes de microorganismes
Audrey Suleau - Collection de Levures d'Intérêt Biotechnologique et Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire
Dominique Swennen - Collection de Levures d'Intérêt Biotechnologique et Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire
Fredj Tekaia - Génétique Moléculaire des Levures
Micheline Wésolowski-Louvel - Unité de Microbiologie et génétique
Eric Westhof - Architecture et réactivité de l'ARN
Bénédicte Wirth - Dynamique, évolution et expression de génomes de microorganismes
Maria Zeniou-Meyer - Dynamique, évolution et expression de génomes de microorganismes
Ivan Zivanovic - Institut de génétique et microbiologie [Orsay]
Monique Bolotin-Fukuhara - Institut de génétique et microbiologie [Orsay]
Agnès Thierry - Génétique Moléculaire des Levures
Christiane Bouchier - Génomique (Plate-Forme) - Genomics Platform
Bernard Caudron - Logiciels et Banques de Données
Claude Scarpelli - Génomique métabolique
Claude Gaillardin - Collection de Levures d'Intérêt Biotechnologique et Laboratoire de Génétique Moléculaire et Cellulaire
Jean Weissenbach - Génomique métabolique
Patrick Wincker - Génomique métabolique
Jean-Luc Souciet - Dynamique, évolution et expression de génomes de microorganismes
Détails de publication: Nature (London), Vol.430(6995), pp.35-44
Éditeur: Nature Publishing Group
Nombre de pages: 10
Identifiants: 99158689509311
Unité académique: Sciences pour l'oenologie - SPO
Langue: English
Type de ressource: Journal article