Résumé
En Guinée, une surveillance génomique a été mise en place pour générer des séquences et identifier les variantes du SARS-CoV-2 circulant localement. Cette étude vise à décrire les distributions, la diversité génétique et les origines des lignées de SARS-CoV-2 circulant en Guinée pendant la pandémie de COVID-19. Une analyse de migration a été réalisée en sélectionnant toutes les séquences générées en Guinée pour les variants préoccupants et intéressants. De mars 2020 à décembre 2023, 1038 séquences ont été générées en Guinée et soumises à la base de données GISAID (Global Initiative on Sharing All Influenza Data). Parmi ces séquences, 73,1 % correspondaient à des variants SARS-CoV-2 préoccupants, qui ont été regroupés en Omicron (69,4 %), Delta (21,9 %), Alpha (6,6 %) et Eta (2,1 %). Les autres variantes représentaient 26,9 % du total. Parmi l'ensemble des variantes analysées, 75 importations en Guinée en provenance de différents pays du monde ont été identifiées. La plupart des importations (40%) provenaient de pays africains, suivis par les pays européens (25,3%) et l'Asie (18,6%). Un flux migratoire important a été observé à l'intérieur de la Guinée. La surveillance génomique rapportée dans cette étude a révélé la diversité des variantes du SARS-CoV-2 circulant en Guinée, soulignant l'importance des analyses de séquençage à grande échelle pour comprendre la dynamique de la pandémie.