Excess of de novo variants in genes involved in chromatin remodelling in patients with marfanoid habitus and intellectual disability

Martin Chevarin; Yannis Duffourd; Rebecca A. Barnard; Sébastien Moutton; François Lecoquierre; Fatma Daoud; Paul Kuentz; Caroline Cabret; Julien Thevenon; Elodie Gautier; Patrick Callier; Judith St-Onge; Thibaud Jouan; Didier Lacombe; Marie Ange Delrue; Cyril Goizet; Fanny Morice-Picard; Julien Van-Gils; Arnold Munnich; Stanislas Lyonnet; Valérie Cormier-Daire; Geneviève Baujat; Muriel Holder; Florence Petit; Bruno Leheup; Sylvie Odent; Pierre-Simon Jouk; Gipsy Lopez; David Geneviève; Patrick Collignon; Dominique Martin-Coignard; Aurélia Jacquette; Laurence Perrin; Audrey Putoux; Elisabeth Sarrazin; Khadija Amarof; Isabelle Missotte; Christine Coubes; Sujatha Jagadeesh; Elisabetta Lapi; Florence Demurger; Alice Goldenberg; Martine Doco-Fenzy; Cyril Mignot; Delphine Héron; Nolwenn Jean-Marçais; Alice Masurel; Salima El Chehadeh; Nathalie Marle; Frédéric Huet; Christine Binquet; Gwenaëlle Collod-Beroud; Pauline Arnaud; Nadine Hanna; Catherine Boileau; Guillaume Jondeau; Robert Olaso; Doris Lechner; Charlotte Poe; Mirna Assoum; Virginie Carmignac; Laurence Duplomb; Frédéric Tran Mau-Them; Christophe Philippe; Antonio Vitobello; Ange-Line Bruel; Anne Boland; Jean-François Deleuze; Christel Thauvin-Robinet; Jean-Baptiste Rivière; Brian J O'Roak; Laurence Faivre

doi:10.1136/jmedgenet-2019-106425

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Excess of de novo variants in genes involved in chromatin remodelling in patients with marfanoid habitus and intellectual disability

Article de revue

Avec comité de lecture

Excess of de novo variants in genes involved in chromatin remodelling in patients with marfanoid habitus and intellectual disability

Martin Chevarin, Yannis Duffourd, Rebecca A. Barnard, Sébastien Moutton, François Lecoquierre, Fatma Daoud, Paul Kuentz, Caroline Cabret, Julien Thevenon, Elodie Gautier, …

Journal of medical genetics, Vol.57(7), pp.466-474

01/07/2020

DOI: https://doi.org/10.1136/jmedgenet-2019-106425

PMID: 32277047

Résumé

PurposeMarfanoid habitus (MH) combined with intellectual disability (ID) (MHID) is a clinically and genetically heterogeneous presentation. The combination of array CGH and targeted sequencing of genes responsible for Marfan or Lujan–Fryns syndrome explain no more than 20% of subjects.MethodsTo further decipher the genetic basis of MHID, we performed exome sequencing on a combination of trio-based (33 subjects) or single probands (31 subjects), of which 61 were sporadic.ResultsWe identified eight genes with de novo variants (DNVs) in at least two unrelated individuals (ARID1B, ATP1A1, DLG4, EHMT1, NFIX, NSD1, NUP205 and ZEB2). Using simulation models, we showed that five genes (DLG4, NFIX, EHMT1, ZEB2 and ATP1A1) met conservative Bonferroni genomewide significance for an excess of the observed de novo point variants. Overall, at least one pathogenic or likely pathogenic variant was identified in 54.7% of subjects (35/64). These variants fell within 27 genes previously associated with Mendelian disorders, including NSD1 and NFIX, which are known to be mutated in overgrowth syndromes.ConclusionWe demonstrated that DNVs were enriched in chromatin remodelling (p=2×10−4) and genes regulated by the fragile X mental retardation protein (p=3×10−8), highlighting overlapping genetic mechanisms between MHID and related neurodevelopmental disorders.

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Détails

Titre: Excess of de novo variants in genes involved in chromatin remodelling in patients with marfanoid habitus and intellectual disability
Créateurs - sans rôle: Martin Chevarin - Université de Bourgogne
Yannis Duffourd - FHU TRANSLAD, CHU Dijon, Dijon, France
Rebecca A. Barnard - Department of Molecular & Medical Genetics, Oregon Health & Science University, Portland, Oregon, USA
Sébastien Moutton - Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Sud-Ouest, Centre Hospitalier Universitaire Bordeaux, Bordeaux, France
François Lecoquierre - Université de Bourgogne
Fatma Daoud - Université de Bourgogne
Paul Kuentz - FHU TRANSLAD, CHU Dijon, Dijon, France
Caroline Cabret - INSERM, U, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR Lipides, Nutrition, Dijon, France
Julien Thevenon - Centre de Génétique et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs de l’interrégion Est, Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France
Elodie Gautier - FHU TRANSLAD, CHU Dijon, Dijon, France
Patrick Callier - FHU TRANSLAD, CHU Dijon, Dijon, France
Judith St-Onge - Université de Bourgogne
Thibaud Jouan - INSERM, U, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR Lipides, Nutrition, Dijon, France
Didier Lacombe - Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Sud-Ouest, Centre Hospitalier Universitaire Bordeaux, Bordeaux, France
Marie Ange Delrue - Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Sud-Ouest, Centre Hospitalier Universitaire Bordeaux, Bordeaux, France
Cyril Goizet - Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Sud-Ouest, Centre Hospitalier Universitaire Bordeaux, Bordeaux, France
Fanny Morice-Picard - Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Sud-Ouest, Centre Hospitalier Universitaire Bordeaux, Bordeaux, France
Julien Van-Gils - Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Sud-Ouest, Centre Hospitalier Universitaire Bordeaux, Bordeaux, France
Arnold Munnich - Hôpital Necker-Enfants Malades
Stanislas Lyonnet - Hôpital Necker-Enfants Malades
Valérie Cormier-Daire - IHU Imagine, Département de Génétique, APHP, Hôpital Necker Enfants Malades, Paris, France
Geneviève Baujat - Hôpital Necker-Enfants Malades
Muriel Holder - Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Nord, Centre Hospitalier Universitaire Lille, Lille, France
Florence Petit - Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Nord, Centre Hospitalier Universitaire Lille, Lille, France
Bruno Leheup - Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs de l’interrégion Ouest, Centre Hospitalier Universitaire Nancy, Nancy, France
Sylvie Odent - Université Rennes 1
Pierre-Simon Jouk - Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Centre Est, Centre Hospitalier Universitaire Grenoble, Grenoble, France
Gipsy Lopez - Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Centre Est, Centre Hospitalier Universitaire Grenoble, Grenoble, France
David Geneviève - Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Sud-Languedoc Roussillon, Centre Hospitalier Universitaire Montpellier, Montpellier, France
Patrick Collignon - Centre de Compétence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Sud-Est, CHI de Toulon – La Seyne-sur-Mer, France
Dominique Martin-Coignard - Centre de compétence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, CH Le Mans, Le Mans, France
Aurélia Jacquette - Département de Génétique et Centre de Référence Déficiences intellectuelles de causes rares, APHP, La Pitié Salpêtrière, Paris, France
Laurence Perrin - Hôpital Robert-Debré
Audrey Putoux - Hospices Civils de Lyon
Elisabeth Sarrazin - Centre de Référence Caribéen des Maladies Rares Neurologiques et Neuromusculaires, CHU de Fort de France, Hôpital Pierre Zobda-Quitman, La Martinique, France
Khadija Amarof - Charmo University
Isabelle Missotte - Service de Pédiatrie, Centre Hospitalier Territorial, Nouvelle Calédonie, France
Christine Coubes - Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs Sud-Languedoc Roussillon, Centre Hospitalier Universitaire Montpellier, Montpellier, France
Sujatha Jagadeesh - Geneomm Medical Centre, Mediscan, Chennai, India
Elisabetta Lapi - Genetica Medica, Azienda Ospedaliera Universitaria Anna Meyer, Firenze, Italia
Florence Demurger - Service de Pédiatrie Génétique, CH de Vannes, Vannes, France
Alice Goldenberg - Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs, CHU Rouen, Rouen, France
Martine Doco-Fenzy - EA, Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs et service de génétique, CHU Reims et UFR de médecine de Reims, Reims, France
Cyril Mignot - Département de Génétique et Centre de Référence Déficiences intellectuelles de causes rares, APHP, La Pitié Salpêtrière, Paris, France
Delphine Héron - Département de Génétique et Centre de Référence Déficiences intellectuelles de causes rares, APHP, La Pitié Salpêtrière, Paris, France
Nolwenn Jean-Marçais - FHU TRANSLAD, CHU Dijon, Dijon, France
Alice Masurel - Centre de Génétique et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs de l’interrégion Est, Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France
Salima El Chehadeh - Centre de Génétique et Centre de Référence Anomalies du Développement et Syndromes Malformatifs de l’interrégion Est, Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France
Nathalie Marle - FHU TRANSLAD, CHU Dijon, Dijon, France
Frédéric Huet - Service de Pédiatrie , Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France
Christine Binquet - Centre d’Investigation Clinique – Epidémiologie Clinique, Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France
Gwenaëlle Collod-Beroud - Inserm
Pauline Arnaud - Centre de référence syndromes de Marfan et syndromes apparentés, APHP, Hôpital Bichat, Paris, France
Nadine Hanna - Centre de référence syndromes de Marfan et syndromes apparentés, APHP, Hôpital Bichat, Paris, France
Catherine Boileau - Centre de référence syndromes de Marfan et syndromes apparentés, APHP, Hôpital Bichat, Paris, France
Guillaume Jondeau - Centre de référence syndromes de Marfan et syndromes apparentés, APHP, Hôpital Bichat, Paris, France
Robert Olaso - Centre National de Recherche en Génomique Humaine
Doris Lechner - Centre National de Recherche en Génomique Humaine
Charlotte Poe - Université de Bourgogne
Mirna Assoum - Université de Bourgogne
Virginie Carmignac - Université de Bourgogne
Laurence Duplomb - Université de Bourgogne
Frédéric Tran Mau-Them - INSERM, U, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR Lipides, Nutrition, Dijon, France
Christophe Philippe - Université de Bourgogne
Antonio Vitobello - Université de Bourgogne
Ange-Line Bruel - INSERM, U, Génétique des Anomalies du Développement, Université de Bourgogne Franche-Comté, UMR Lipides, Nutrition, Dijon, France
Anne Boland - Centre National de Recherche en Génomique Humaine
Jean-François Deleuze - Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH), Institut de Biologie François Jacob, CEA, Université Paris-Saclay, Evry, France
Christel Thauvin-Robinet - Centre de Référence Déficience intellectuelle, Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France
Jean-Baptiste Rivière - FHU TRANSLAD, CHU Dijon, Dijon, France
Brian J O'Roak - Department of Molecular & Medical Genetics, Oregon Health & Science University, Portland, Oregon, USA
Laurence Faivre - Centre de Référence Déficience intellectuelle, Centre Hospitalier Universitaire Dijon, Dijon, France
Détails de publication: Journal of medical genetics, Vol.57(7), pp.466-474
Nombre de pages: 9
Identifiants: 99141081809311
Unité académique: Cell souches plasticité cellul régénérat tissulaire immuno des maladies inflamm - IRMB
Langue: English
Type de ressource: Journal article