Résumé
L’usage des technologies de séquençage de nouvelle génération prend une part de plus en plus importante dans le diagnostic prénatal génétique des anomalies du développement fœtal et tend à effacer l’intérêt du caryotype et de la cytogénétique. Bien que ces technologies soient capables d’identifier toutes les variations du génome du fœtus, le regard du cytogénéticien reste indispensable en matière de mécanisme chromosomique.
Au décours la première grossesse de Mme H., l’échographie du 2e trimestre montre une association polymalformative du fœtus et un retard de croissance intra-utérin. Il proposé à Mme H. de participer à une étude en aveugle du séquençage du génome entier en parallèle des explorations de cytogénétique en soins courants : analyse chromosomique par puce à ADN (ACPA) et caryotype standard. Mme H. donne son consentement à ce double parcours à visée diagnostique et une amniocentèse est pratiquée.
L’ACPA montre 2 variations du nombre de copie (CNV) aux extrémités des chromosomes 2 et 9, orientant le cytogénéticien vers l’hypothèse la plus probable de la présence d’un dérivé chromosomique issu d’une translocation réciproque. L’étude des CNV identifiés par séquençage du génome, obtenu en quelques jours, aboutit à la même hypothèse. Après culture du liquide amniotique, le caryotype montre un mécanisme plus complexe, infirmant la première hypothèse et orientant vers la présence d’un recombinant chromosomique d’une insertion. Un second examen plus poussé du génome, analysant les variants structuraux (SV) confirme cette dernière hypothèse et précise le parent porteur de l’insertion équilibrée, lui-même confirmé par le caryotype et la FISH des parents.
Toutes les informations génétiques et cytogénétiques du fœtus étaient présentes dès la fin du séquençage du génome entier. Cependant, il a fallu le regard du cytogénéticien pour reconstituer les remaniements et identifier les points de cassure à partir des données de séquences.