Comparative genomics of protoploid Saccharomycetaceae

Jean-Luc Souciet; Bernard Dujon; Claude Gaillardin; Mark Johnston; Philippe V Baret; Paul Cliften; David James Sherman; Jean Weissenbach; Eric Westhof; Patrick Wincker; Claire Jubin; Julie Poulain; Valerie Barbe; Béatrice Ségurens; François Artiguenave; Véronique Anthouard; Benoit Vacherie; Marie-Eve Val; Robert S Fulton; Patrick Minx; Richard Wilson; Pascal Durrens; Geraldine Jean; Christian Marck; Tiphaine Martin; Macha Nikolski; Thomas Rolland; Marie-Line Seret; Serge Casaregola; Laurence Despons; Cecile Fairhead; Gilles Fischer; Ingrid Lafontaine; Véronique Leh-Louis; Marc Lemaire; Jacky de Montigny; Cécile Neuvéglise; Agnès Thierry; Isabelle Blanc-Lenfle; Claudine Bleykasten; Julie Diffels; Emilie Fritsch; Lionel Frangeul; Adrien Goeffon; Nicolas Jauniaux; Rym Kachouri-Lafond; Celia Payen; Serge Potier; Lenka Pribylova; Christophe Ozanne; Guy-Franck Richard; Christine Sacerdot; Marie-Laure Straub; Emmanuel Talla; The Génolevures Consortium

doi:10.1101/gr.091546.109

Retour

Comparative genomics of protoploid Saccharomycetaceae

Article de revue

Avec comité de lecture

Comparative genomics of protoploid Saccharomycetaceae

Jean-Luc Souciet, Bernard Dujon, Claude Gaillardin, Mark Johnston, Philippe V Baret, Paul Cliften, David James Sherman, Jean Weissenbach, Eric Westhof, Patrick Wincker, …

Genome research, Vol.19(10), pp.1696-1709

01/10/2009

DOI: https://doi.org/10.1101/gr.091546.109

PMID: 19525356

Résumé

Biodiversity

Genetics

Life Sciences

Our knowledge on yeast genomes remains largely dominated by the extensive studies on Saccharomyces cerevisiae and the consequences of its ancestral duplication, leaving the evolution of the entire class of hemiascomycetes only partly explored. We concentrate here on five species of Saccharomycetaceae, a large subdivision of hemiascomycetes, that we call "protoploid" because they diverged from the S. cerevisiae lineage prior to its genome duplication. We determined the complete genome sequences of three of these species, Kluyveromyces (Lachancea) thermotolerans and Saccharomyces (Lachancea) kluyveri (two members of the newly described Lachancea clade) and Zygosaccharomyces rouxii. We included in our comparisons the previously available sequences of Klyveromyces lactis and Ashbya (Eremothecium) gossypii. Despite their broad evolutionary range and significant individual variations in each lineage, the five protoploid Saccharomycetaceae share a core repertoire of ca. 3,300 protein families and a high degree of conserved synteny. Synteny blocks were used to define gene orthology and to infer ancestors. Far from representing minimal genomes without redundancy, the five protoploid yeasts contain numerous copies of paralogous genes, either dispersed or in tandem arrays, that, altogether, constitute a third of each genome. Ancient, conserved paralogs as well as novel, lineage-specific paralogs were identified.

Indicateurs

1 Consultations de la notice

Détails

Titre: Comparative genomics of protoploid Saccharomycetaceae
Créateurs - sans rôle: Jean-Luc Souciet - Génétique moléculaire, génomique, microbiologie
Bernard Dujon - Génétique Moléculaire des Levures
Claude Gaillardin - Microbiologie et Génétique Moléculaire
Mark Johnston - Department of Genetics [Saint-Louis]
Philippe V Baret - Université Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain
Paul Cliften - Department of Biology [Utah]
David James Sherman - Models and Algorithms for the Genome
Jean Weissenbach - Structure et évolution des génomes - UMR 8030
Eric Westhof - Architecture et Réactivité de l'ARN
Patrick Wincker - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
Claire Jubin - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
Julie Poulain - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
Valerie Barbe - Structure et évolution des génomes - UMR 8030
Béatrice Ségurens - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
François Artiguenave - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
Véronique Anthouard - Structure et évolution des génomes - UMR 8030
Benoit Vacherie - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
Marie-Eve Val - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
Robert S Fulton - Department of Genetics [Saint-Louis]
Patrick Minx - Department of Genetics [Saint-Louis]
Richard Wilson - Department of Genetics [Saint-Louis]
Pascal Durrens - Models and Algorithms for the Genome
Geraldine Jean - Laboratoire Bordelais de Recherche en Informatique
Christian Marck - Institut de Biologie et de Technologies de Saclay
Tiphaine Martin - Models and Algorithms for the Genome
Macha Nikolski - Models and Algorithms for the Genome
Thomas Rolland - Génétique Moléculaire des Levures
Marie-Line Seret - Université Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain
Serge Casaregola - Microbiologie et Génétique Moléculaire
Laurence Despons - Génétique moléculaire, génomique, microbiologie
Cecile Fairhead - Génétique Moléculaire des Levures
Gilles Fischer - Génétique Moléculaire des Levures
Ingrid Lafontaine - Génétique Moléculaire des Levures
Véronique Leh-Louis - Génétique moléculaire, génomique, microbiologie
Marc Lemaire - Microbiologie, adaptation et pathogénie
Jacky de Montigny - Génétique Moléculaire Génomique Microbiologie
Cécile Neuvéglise - Microbiologie et Génétique Moléculaire
Agnès Thierry - Génétique Moléculaire des Levures
Isabelle Blanc-Lenfle - Microbiologie et Génétique Moléculaire
Claudine Bleykasten - Génétique moléculaire, génomique, microbiologie
Julie Diffels - Université Catholique de Louvain = Catholic University of Louvain
Emilie Fritsch - Génétique moléculaire, génomique, microbiologie
Lionel Frangeul - Génomique (Plate-Forme) - Genomics Platform
Adrien Goeffon - Models and Algorithms for the Genome
Nicolas Jauniaux - Génétique moléculaire, génomique, microbiologie
Rym Kachouri-Lafond - Architecture et Réactivité de l'arN
Celia Payen - Génétique Moléculaire des Levures
Serge Potier - Génétique moléculaire, génomique, microbiologie
Lenka Pribylova - Génétique moléculaire, génomique, microbiologie
Christophe Ozanne - Microbiologie et Génétique Moléculaire
Guy-Franck Richard - Génétique Moléculaire des Levures
Christine Sacerdot - Génétique Moléculaire des Levures
Marie-Laure Straub - Génétique moléculaire, génomique, microbiologie
Emmanuel Talla - Laboratoire de Chimie Bactérienne
The Génolevures Consortium
Détails de publication: Genome research, Vol.19(10), pp.1696-1709
Éditeur: Cold Spring Harbor Laboratory Press
Nombre de pages: 14
Identifiants: 99149620309311
Unité académique: Sciences pour l'oenologie - SPO; Centre de Recherche en Biologie Cellulaire de Montpellier - CRBM
Langue: English
Type de ressource: Journal article