Résumé
Les régions désertiques soumettent les organismes et les populations qui y vivent à des conditions extrêmes, exacerbées par le changement climatique qui accentue la sécheresse et la chaleur. Bien que les plantes et les communautés microbiennes de ces environnements soient adaptées à l’aridité, l’instabilité climatique menace l’équilibre des écosystèmes. En Afrique du Nord et en Asie du Sud-Ouest, le palmier dattier (Phoenix dactylifera), culturellement et économiquement important, prédomine. Malgré sa tolérance aux stress hydriques, thermiques et salins, sa culture dépend fortement de l’irrigation, menaçant la durabilité des ressources en eau souterraines. Pour réduire la consommation d’eau, des projets se concentrent sur des systèmes d’irrigation de précision, comme le goutte-à-goutte, et sur l’étude des communautés microbiennes associées au palmier. Les Champignons Mycorhiziens Arbusculaires (CMA), qui forment une symbiose avec les racines, jouent un rôle clé dans la nutrition et la tolérance aux stress des plantes. Cependant, ces communautés fongiques restent peu étudiées dans les déserts.Cette thèse avait pour objectif d’identifier des axes permettant de réduire la consommation en eau de la culture du palmier dattier dans la région hyperaride d’AlUla, en Arabie saoudite. Pour cela, je me suis intéressé aux systèmes d’irrigation ainsi qu’aux communautés fongiques, en me focalisant sur la mycorhize arbusculaire. Dans le premier chapitre, j’explore cette mycorhize à l’échelle de toute la région, dans une grande diversité de conditions et avec diverses méthodologies, ce qui permet de révéler une dominance des genres de la famille des Glomeraceae dans les sols et racines de la région, ainsi qu’une quasi-absence de Gigasporales, avec des profils de mycorhization inattendus et une quantité très faible de spores de CMA dans les sols. Le deuxième chapitre étudie par metabarcoding les communautés fongiques présentes dans les racines de dattier prélevées dans différents systèmes hydriques et à différentes profondeurs, afin de comprendre comment ces communautés s’organisent en fonction de ces paramètres. J’y identifie un effet important des systèmes hydriques, mais pas de la profondeur, sur les communautés fongiques. Enfin, le troisième chapitre détaille la mycorhize arbusculaire dans les racines de dattiers à AlUla, les paramètres qui peuvent l’influencer, et de ce que cela implique pour les systèmes de culture. Cette étude fournit des données et des analyses importantes pour mieux comprendre les communautés fongiques dans les régions et les systèmes de cultures désertiques.