Résumé
La résilience des populations aux changements environnementaux dépend en partie de leur potentiel évolutif. Toutefois, les changements environnementaux entraînent aussi l’augmentation des populations petites et isolés. Ces populations ont une taille efficace et une diversité génétique attendues faibles et donc un potentiel évolutif attendu faible. Comme le risque d’extinction est influencé par des processus génétiques, leur prise en compte est nécessaire à la gestion de la biodiversité. L’objectif de cette thèse est d’étudier l’utilisation de la génétique des populations en conservation in situ. Une synthèse des données issues de la littérature scientifique et de la littérature grise a montré que la diversité génétique intra-population des espèces menacées en France est faible et donc le potentiel évolutif est possiblement limité. En utilisant un jeu de données plus large, nous avons aussi montré que la différenciation génétique entre populations des espèces menacées n’a pas été estimée plus forte que celle des espèces non-menacées, mais un niveau de différenciation non négligeable est généralement observé pour les espèces menacées. Cette différentiation implique que la diversité sera beaucoup mieux préservée en conservant de nombreuses populations. L’étude des plans de conservation et les informations issues d’enquêtes auprès d’acteurs de la conservation a montré que la diversité génétique est peu prise en compte dans les translocations réglementaires et conservatoires, et plus généralement dans les actions de conservation en France. En prenant l’exemple du renforcement des populations, nous avons donc proposé un guide pour détecter la dépression de consanguinité, la dépression d’allofécondation et l’adaptation locale sans utiliser de biologie moléculaire. Enfin, nous avons utilisé le suivi génétique et démographique réalisé chez une espèce menacée Centaurea corymbosa pour estimer la taille efficace et mesurer l’effet de la dérive. Malgré de faibles effectifs, le temps génération des populations maintient une taille efficace supérieure aux nombres de plantes en fleurs. Bien que les populations soient petites et isolées, la diversité et la structuration génétique de la centaurée ne changent pas entre 1998 et 2018, ce qui semble résulter de la longévité des individus. L’absence de perte de diversité observée ne signifie pas que C. corymbosa a un potentiel évolutif qui lui permette de répondre aux changements environnementaux. L’ensemble de ce travail montre qu’il est nécessaire d’avoir davantage de liens entre la conservation appliquée et la recherche pour une meilleur intégration de la génétique des populations en conservation.