Résumé
Les tiques sont les Arthropodes hématophages transmettant une grande diversité d’agents pathogènes aux Vertébrés. Les maladies qui en résultent ont un coût sanitaire, vétérinaire et économique non négligeable. Néanmoins, l’ensemble de leurs communautés microbiennes ne se limitent pas à ceux-ci. Leur microbiome se compose également de microorganismes acquis depuis l’environnement et de microorganismes transmis de générations en générations, que l’on qualifie d’héritables. Ces microorganismes sont importants pour la physiologie, l’écologie et l’évolution des tiques, et vont influencer leur succès reproducteur. Certaines bactéries sont obligatoires au cycle de vie des tiques, et d’autres sont facultatives mais pourraient conférer un avantage en cas de stress environnementaux. Dans ce contexte, cette thèse s’est centrée sur l’étude des mécanismes permettant aux symbiontes héritables de se répandre et se maintenir dans les populations de tiques.Outre le fait d’être encore sous-étudiées, plusieurs bactéries héritables sont mal-identifiées, et souvent confondues avec des pathogènes phylogénétiquement proches. Nous avons démontré qu’à partir de métagénomes et grâce à des analyses phylogénétiques et génomiques, il était possible de détecter ces mal-identifications et d’identifier l’occurrence de deux bactéries obligatoires chez plusieurs espèces de tiques (Chapitre 1). Une assignation correcte des symbiontes de tiques est essentielle à la fois pour ne pas sur-estimer le risque épidémiologique lié aux tiques et sous-estimer l’implication des bactéries héritables dans la physiologie et l’évolution de leur hôte.Les tiques sont des hématophages stricts, et ce régime alimentaire biaisé nécessite aux tiques une association avec des symbiontes obligatoires pour les supplémenter en composants nutritionnels essentiels. En étudiant les métagénomes de la tique Hyalomma marginatum, nous avons démontré que si les autres espèces de tiques abritent généralement une seule lignée de symbiotes nutritionnels, cette espèce possède un système unique à doubles partenaires bactériens. Nos analyses génomiques ont révélé l'érosion du génome d'un symbionte ancestral avec un risque de collapse de l’interaction nutritionnelle, et simultanément la compensation des voies manquantes grâce à la co-symbiose avec un symbionte acquis plus récemment (Chapitre 2). Ceci confirmerait que les tiques sont dépendantes de leurs partenaires nutritionnels et que leurs associations subissent des adaptations afin de persister. L’effet des bactéries facultatives sont méconnues chez les tiques, contrairement à celles chez les Insectes où plusieurs phénotypes leur sont associés et des effecteurs génétiques sont identifiés. Nous avons alors cherché à explorer les caractéristiques symbiotiques de deux bactéries chez les tiques : Spiroplasma ixodetis chez les tiques dures et Rickettsia lusitaniae chez les tiques molles (Chapitre 3). Pour S. ixodetis, nos investigations se focalisent sur le séquençage de plusieurs génomes bactériens provenant de différentes espèces de tiques et la recherche d’effecteurs phénotypiques particulier. Pour R. lusitaniae, nos différentes expérimentations tendent à la définir comme une bactérie facultative à transmission maternelle, avec un potentiel de transmission horizontale mais sans évidence de pathogénicité dans notre modèle expérimental, et ayant un effet positif sur la valeur sélective des tiques infectées. L’étude de génomes séquencés pourrait aider à émettre des hypothèses sur son phénotype chez les tiques molles. Enfin, à partir d’analyses sans a priori par métabarcode bactérien sur œufs individuels, nous avons cherché à établir quels symbiontes sont transmis entre générations et, si oui, dans quelle proportion, chez plusieurs espèces de tiques du genre Ixodes (Chapitre 4). Définir cette composante est essentielle pour comprendre la structuration des associations microbiennes dans un microbiome complexe et dynamique.