Résumé
L’immense richesse du vivant a toujours suscité une grande fascination mais également une soif de compréhension des mécanismes qui régissent l’évolution de la biodiversité. La spéciation est le processus évolutif fondamental à l'origine de la biodiversité et a donc largement été étudié à différentes échelles et pour de nombreux modèles différents. Malgré cela de nombreuses questions brulantes demeurent, notamment sur le rôle de l’hybridation et de l’introgression dans la spéciation. L’analyse de l’histoire évolutive de clades dont la diversification est liée à ces mécanismes est donc fondamental dans notre compréhension de leur rôle et leur impact dans la spéciation. Dans ce but, mes travaux de thèse s’intéressent à un complexe d’espèce de Satyrinae du genre Coenonympha. Ce groupe de quatre espèces présente une histoire évolutive originale du fait de l’importance de l’hybridation et notamment de la spéciation hybride homoploïde dans sa mise en place. Au travers de plusieurs types d’approches mes travaux de thèse tentent de décrire et d’expliquer les mécanismes à l’origine de la mise en place de ce complexe d’espèces. Nos résultats suggèrent l’importance de la divergence des profils chimiques et donc de la communication chimique dans le maintien de barrières prézygotiques fortes entre une des espèces parentes, C. arcania, et les autres espèces du complexe. Parallèlement, notre analyse des mécanismes d’isolement reproducteur (IR) entre l’autre espèce parente (C. gardetta) et une des espèces hybrides (C. cephalidarwiniana) suggère l’importance d’incompatibilités génétiques et donc de barrières postzygotiques. Ce mécanisme semble être particulièrement renforcé par l’existence et l’importance du large Z-effect, un mécanisme encore rarement décrit. Les deux analyses portant sur l’IR au sein du complexe soulignent le rôle de mécanismes différents dans la diversification de ce clade et notamment le rôle de la mise en place chez les espèces hybrides de combinaisons de barrières au flux de gènes héritées de leurs espèces parentes. Enfin, nous avons mis en évidence une tolérance à la chaleur plus grande des œufs des espèces de plaine par rapport à celles des œufs des espèces d’altitude. Le lien entre les distributions altitudinales des espèces et la variation de l’exposition à la chaleur le long du gradient altitudinal mis en évidence soutien l’importance de l’adaptation locale dans distribution et la mise en place du complexe. Collectivement, ces résultats démontrent l’importance de l’héritage et du tri de matériel génomique et des mécanismes d’isolement reproducteur associés à celui-ci dans la spéciation et notamment dans la spéciation hybride. Ils démontrent également la potentielle complémentarité des processus d’adaptation locale liés à la sélection et de divergence non-adaptative dans le processus de spéciation.