Résumé
Le genre Vibrio comprend des agents pathogènes majeurs de l’homme ou d’animaux marins. Chez l’huître creuse Magallana gigas, certains vibrios pathogènes opportunistes des clades Splendidus et Harveyi sont associés à des épisodes de mortalité massifs. Dans l’environnement, les vibrios sont soumis à la prédation des amibes libres qui utilisent la phagocytose pour se nourrir de microorganismes. En raison de la similarité du processus de phagocytose entre organismes distants, l’hypothèse de sélection coïncidente suggère que les amibes peuvent pré-adapter les bactéries pathogènes à résister au système immunitaire des métazoaires. De même, les amibes peuvent servir de réservoir environnemental de bactéries pathogènes en favorisant leur persistance, dissémination ou prolifération. L’objectif de cette thèse était d’étudier le rôle écologique et évolutif des interactions amibes-bactérie sur la dynamique de virulence des vibrios en milieu marin. Nous avons ainsi identifié une association naturelle entre l’amibe marine Paramoeba atlantica et Vibrio bathopelagicus, un vibrio du clade Splendidus. Nous avons observé que ce vibrio est capable d’établir une niche réplicative au sein de l’amibe, un phénotype partagé par d’autres vibrios. De manière analogue à d’autres vibrios du clade Splendidus, V. bathopelagicus présente un potentiel de virulence pour l’huître et est cytotoxique vis-à-vis des hémocytes d’huîtres. Parallèlement, nous avons mis au point une approche INSeq chez Vibrio tasmaniensis LGP32, un vibrio pathogène d’huître qui résiste à la prédation de l’amibe marine Vannella sp. AP1411. Nous avons ainsi généré une banque de plus de 150.000 mutants d’insertions indépendants qui a été criblée chez l’huître ce qui a permis de mettre en évidence l’importance des gènes de LGP32 impliqués dans le métabolisme, la réponse au stress et la compétition inter-microbienne pour la colonisation de l’huître. Le criblage de cette banque chez l’amibe permettra de déterminer à l’échelle du génome de LGP32 la proportion de gènes « généralistes », impliqués dans des interactions avec des hôtes distants, et la proportion de gènes plus spécialisés, et ceci afin de tester l’hypothèse de sélection coïncidente.