Résumé
La transition de l'utilisation conventionnelle d'engrais chimiques et de pesticides vers des pratiques agricoles biologiques durables est une préoccupation majeure, en agronomie. Cette transition nécessite l'étude du microbiote associé aux racines des cultures, car il détient la clé de la formulation de stratégies efficaces d'inoculation biologique. Le microbiote racinaire, qui comprend une diversité de microorganismes, joue un rôle crucial dans le cycle des nutriments du sol, le développement des racines et de la plante entière, et la médiation de la pression des pathogènes. Parmi ces microorganismes bénéfiques, les bactéries favorisant la croissance des plantes (PGPB) et les champignons mycorhiziens à arbuscules (AMF) sont particulièrement intéressants, mais leur efficacité en champ dépend des conditions du sol et des espèces végétales inoculées. Ma thèse se concentre sur le riz, qui revêt une importance économique particulière en Asie de l'Est et du Sud. Sa production, principalement dans des champs inondés, consomme une part importante des ressources mondiales en eau douce et contribue aux émissions de gaz à effet de serre. La transition vers des méthodes d'irrigation économes en eau est une alternative satisfaisante, permettant l'utilisation de bioinoculants contenant des PGPB et des AMF, mais elle modifiera de manière significative les interactions entre le riz et les microorganismes naturellement présents.Les formulations actuelles de bioinoculants manquent de résilience et de spécificité, ce qui souligne la nécessité d'identifier et de tester des candidats naturellement issus de champs de culture. Les études de co-inoculation avec des PGPB et des AMF montrent différents effets sur la croissance des plantes, allant de la synergie à l'antagonisme. Il est essentiel de comprendre les mécanismes sous-jacents de ces interactions pour prédire avec précision les phénotypes des plantes. La perception par les plantes de la diversité microbienne du sol implique des dialogues moléculaires définis entre les deux partenaires. Cependant, les mécanismes qui sous-tendent la discrimination des plantes entre les micro-organismes bénéfiques et pathogènes et l'activation des voies symbiotiques ou immunitaires ne sont pas encore clairs. Il est important de définir les facteurs qui conduisent au mutualisme ou au parasitisme dans une variété d'interactions riz-microbe, car ils déterminent l'établissement d'associations symbiotiques. Des études approfondies des interactions entre le riz et différentes espèces bactériennes et fongiques découvriront les réseaux moléculaires impliqués pour obtenir des informations sur les interactions entre le riz et les microbes.Ce travail étudie les réponses phénotypiques et moléculaires du riz au cours d’interactions avec les microorganismes du sol. Plusieurs espèces de PGPR et d'AMF, basées sur une littérature récente revendiquant leurs bénéfices pour la santé du riz, ont été étudiées. Ce travail vise à découvrir les réponses communes et spécifiques du riz aux microorganismes bénéfiques, d'origine bactérienne ou fongique, afin d'établir des liens entre l'amélioration de la croissance, la tolérance aux stress biotiques et la régulation transcriptionnelle des voies physiologiques.