Résumé
Les éléments transposables (ET) sont des séquences d’ADN dites “parasites”, capables de se déplacer dans le génome grâce à un mécanisme appelé transposition. Bien qu’ils puissent provoquer des mutations, ils sont présents dans la plupart des génomes séquencés. Ils se répartissent en différentes familles, avec une grande diversité de séquences et de mécanismes. Pour assurer leur survie, les ET exploitent à la fois leurs propres ressources et la machinerie cellulaire de l’hôte. L’objectif de ma thèse était de comprendre comment différentes familles d’ET, notamment les rétrotransposons à LTR (LTR-RTE), parviennent à coexister et se maintenir dans unmême génome sans causer de dommages excessifs à l’hôte, ni entrer en conflit les uns avec les autres. J’ai formulé l’hypothèse que, bien que le mécanisme de transposition soit globalement conservé au sein des LTR-RTE, certaines étapes du cycle de transposition pourraient varier d’une famille à l’autre. Ces différences pourraient favoriser la coexistence de ces éléments. Afin de tester cette hypothèse, je me suis appuyée sur un système génétique expérimental développé chez Drosophila melanogaster qui permettait de lever la répression des LTR-RTE spécifiquement dans les cellules somatiques des gonades. Cette approche m’a permis d’étudier différentes étapes du cycle de transposition de plusieurs LTR-RTE (copia, roo, ZAM et gtwin). En combinant approches génomiques et données fonctionnelles, j’ai pu démontrer que chaque famille de LTR-RTE présente des préférences d’intégration différentes, liées à des paysages épigénétiques spécifiques dans la chromatine ouverte. De plus, les cycles de transposition de ZAM etgtwin diffèrent non seulement par leurs motifs d’expression, mais aussi par le moment de leurinsertion au cours du développement embryonnaire. Ces résultats suggèrent que chaque LTRRTE exploite une « niche » biologique particulière permettant ainsi la coexistence stable demultiples familles au sein d’un écosystème génomique unique. Mon travail offre un cadre pourexplorer plus en détail les interactions entre les ET et leur hôte. Dans cette perspective, deuxaxes complémentaires ont été amorcés : l’étude des conséquences fonctionnelles des nouvellesinsertions sur le génome hôte, et l’identification des partenaires moléculaires impliqués dansla distribution spécifique de ZAM et gtwin. Ces approches permettront d’approfondir notrecompréhension des mécanismes évolutifs et cellulaires qui régulent l’écologie des ET au sein desgénomes.