Résumé
La diversité des plantes cultivées et des savoirs associés représente une solution précieuse pour le développement de systèmes robustes et résilients face à l’accélération des crises socio-écologiques. En Afrique de l’Ouest, les paysans et paysannes cultivent de nombreuses variétés et espèces traditionnelles, dont deux espèces communément appelées fonio (Digitaria exilis, Digitaria iburua). Malgré l’importance reconnue aux fonios pour leurs propriétés agronomiques et nutritionnelles, ces céréales n’ont reçu qu’une attention limitée de la part de la recherche mondiale. Dans cette thèse, ces deux cultures sont considérées d’un point de vue évolutif, de la reconstruction des dynamiques liées à leur domestication, à la prédiction de l’évolution temporelle et spatiale de leur diversité nécessaire à leur adaptation future au changement climatique. Dans le chapitre 1, nous étudions les relations génétiques et évolutives entre les espèces cultivées et leurs apparentés sauvages avec le reséquençage de génomes complets. La combinaison d’approches génomiques permet d’affirmer l’indépendance des domestications de chacune des espèces. Dans le chapitre 2, l’analyse de 1539 accessions de D. exilis génotypées avec des marqueurs microsatellites nous permet de produire pour la première fois une image complète de la structure génétique du fonio sur l’ensemble de son aire de répartition. Les données passeport ont été rassemblées pour constituer la plus grande collection internationale de ressources génétiques du fonio. Celle-ci est dorénavant accessible via une application Shiny qui permet d’explorer le profil génétique des populations de fonio en lien avec la géographie. Ce travail est le socle sur lequel l’échantillonnage du dernier chapitre repose pour étudier la vulnérabilité des ressources génétiques du fonio aux évolutions climatiques. A l’aide de modélisations prospectives de la diversité génomique et des données issues d’un essai expérimental, nous avons identifié les zones et populations les plus vulnérables, puis proposé des stratégies de migrations assistées pouvant atténuer les impacts négatifs du changement climatique. Enfin, en plus de l’acquisition de connaissances fondamentales, cette thèse souligne l’importance et la nécessité de développer des collaborations multi-spatiales et multi-échelles, dans un cadre pluridisciplinaire, dans le but de conserver et de valoriser la diversité des espèces traditionnelles.