Résumé
Le genre Thomasomys, un genre clé au sein de la tribu des Thomasomyini de la sous-famille des Sigmodontinae, est un point focal pour comprendre la phylogénie, la biogéographie et l'adaptation écologique des rongeurs andins. En tant que genre le plus diversifié au sein des Sigmodontinae, Thomasomys comprend 51 espèces valides et de nombreuses autres non décrites, habitant principalement les forêts montagnardes néotropicales et les páramos. Sa distribution exclut cependant des régions comme le Bouclier guyanais, les forêts tropicales de basse altitude, les déserts et les îles océaniques. Les résultats contradictoires entre les analyses phylogénétiques moléculaires précoces et les études morphologiques soulignent la nécessité d'une approche intégrée englobant la recherche génétique, moléculaire et morphologique. Cette recherche se penche sur l'arrière-plan taxonomique complexe, les relations phylogénétiques, la diversité des espèces et les adaptations morphologiques de Thomasomys, mettant en lumière son histoire évolutive et ses adaptations écologiques dans les habitats andins exigeants. La recherche comprend trois chapitres. Le Chapitre 1 révèle une diversité d'espèces sous-estimée, confirmant la monophylie du genre. Les analyses ont identifié dix grands clades, démontrant une structure phylogénétique complexe avec des relations paraphylétiques ou polyphylétiques parmi les espèces et remettant en question la monophylie de certains groupes d'espèces tels que Cinereus, Aureus, Gracilis et Incanus. Les méthodes de délimitation d'espèces unilocus ont indiqué un nombre plus élevé d'espèces putatives par rapport à la taxonomie actuelle. Elles soulignent également l'importance biogéographique de la zone du Marañón comme barrière géographique influençant la distribution des espèces et la spéciation au sein de Thomasomys. Le Chapitre 2 explore les adaptations des os turbinaux chez les espèces de Thomasomys. Il suggère que ces adaptations sont étroitement liées à l'élévation et aux défis environnementaux, avec une relation allométrique positive significative observée entre les surfaces des os turbinaux et la longueur du crâne. Le chapitre 3 introduit un nouveau genre distinct de Thomasomys et décrit trois nouvelles espèces endémiques aux Yungas péruviennes centrales. Cette découverte remet en question la composition taxonomique traditionnelle de la tribu des Thomasomyini, la délimitation morphologique des genres qui la composent et met en débat la position phylogénétique de Rhagomys. Ensemble, ces chapitres mettent en lumière l'histoire évolutive complexe et les adaptations écologiques du genre Thomasomys, soulignant la nécessité d'approches de recherche intégratives pour comprendre pleinement les complexités de la biodiversité et de l'adaptation des rongeurs andins.