Résumé
Même si une diminution importante du fardeau des maladies infectieuses a été constatée au niveau global ces dernières décennies, certaines régions du monde et en particulier l’Afrique subsaharienne continuent à supporter un fardeau très important de ces maladies. Par exemple, cette région comprend 40% du fardeau des maladies tropicales négligées (MTN) et plus de 90% des décès liées au paludisme. Pour certaines maladies, les agents pathogènes ont des cycles de vie complexes ou il n’existe pas de moyens de lutte efficaces pour les prévenir, ce qui les rend difficiles à être contrôlées ou éliminées. Par contre, même pour des maladies où il existe des vaccins efficaces et qui sont donc évitables avec les moyens de lutte actuels, comme la rougeole ou la poliomyélite, elles continuent à faire des ravages dans les pays à faibles revenus. Des disparités liées à l’accès aux soins (financier, géographique, etc.), la fragilité des systèmes de santé de ces pays, et des défis persistants dans le financement de la santé, parmi d’autres facteurs, constituent des barrières considérables à la lutte contre les maladies infectieuses. Cette thèse se concentre sur les barrières à la mise en œuvre de deux stratégies majeures de lutte contre les maladies infectieuses à Madagascar : les campagnes de distribution médicamenteuse de masse (DMM), à travers l’exemple du programme d’élimination de la filariose lymphatique, et la vaccination, à travers l’exemple du programme élargi de vaccination et la vaccination infantile de routine. Elle est structurée en 3 chapitres. Le premier chapitre présente une revue de la littérature sur les modèles mathématiques existants sur la filariose lymphatique : les modèles compartimentaux, les modèles stochastiques individu-centrés, et la combinaison de deux ou plusieurs modèles (« ensemble modelling ») ainsi que leur application pour guider les programmes d’élimination. Dans le deuxième chapitre, on utilise un modèle mathématique pour montrer comment l’hétérogénéité sur la mise en œuvre du programme d’élimination de la FL dans le sud-est de Madagascar peut augmenter le risque de réémergence. On se focalise sur le problème d’hétérogénéité au sein des programmes de distribution de masse de médicaments, et en particulier l’hétérogénéité dans l’adhérence au traitement selon les groupes d’âge et l’hétérogénéité spatiale dans l’avancement de la DMM, étudiant le risque de résurgence que celles-ci peuvent engendrer. Enfin dans le troisième chapitre, on étudie l’impact du renforcement de système de santé dans un district du sud-est de Madagascar sur l’efficacité des stratégies de vaccination et l’amélioration de la couverture vaccinale, grâce à des analyses d’enquête au sein d’une cohorte. On terminera avec une discussion générale sur comment les méthodes utilisées et les résultats obtenus contribuent à la littérature sur les défis de mise en œuvre des programmes de lutte.