Résumé
Dans cette thèse, j’utilise des modèles de distribution d’espèces pour analyser comment les différents facteurs environnementaux, d’habitat ou anthropiques peuvent influencer la diversité des poissons marins. L’objectif principal de la thèse est d’inclure dans ces modèles plusieurs dimensions anthropiques (la pêche, la gravité, la protection, ou autres facteurs pouvant moduler l’impact de l’humain ou ses mesures de conservation), afin de mieux comprendre l’influence de ces facteurs sur les processus d’assemblages des communautés de poissons. Dans le premier chapitre, je m’intéresse à la réponse espèce-spécifique de poissons de récifs aux aires marines protégées (AMP) en termes de probabilité d’occurrence, d’abondance et de biomasse. Afin de comprendre quelles sont les espèces qui répondent positivement ou négativement à la protection, j’ai intégré des traits écologiques liés à la vulnérabilité à la pêche dans l’analyse. Les analyses montrent que les espèces rares, notamment des herbivores ou top-prédateurs, bénéficient le plus de la protection des AMP. Mon deuxième chapitre s’intéresse à l’apport de l’ADNe afin de révéler les biais géographiques et écologiques des connaissances actuelles sur les poissons marins, issues des bases de données GBIF et OBIS. Nos échantillonnages d’ADNe réalisés à la fois dans des zones bien échantillonnées et des zones reculées montrent que l’on sous-estime les aires de répartition de nombreuses espèces, mais aussi leur niche écologique (socio-environnementale, incluant donc une dimension anthropique). Finalement, dans le troisième chapitre, j’utilise des données ADNe dans une zone presque exhaustivement échantillonnée, la Méditerranée, afin de modéliser les communautés de poissons marins. Pour cela, je modélise la distribution des espèces en m’appuyant sur leurs co-occurrences dans un cadre bayésien, en fonction de différents facteurs environnementaux, d’habitat, et anthropique (gravité, protection, pression de pêche régionale). Ce cadre de modélisation, incluant à la fois les traits des espèces et leur histoire évolutive, a permis d’obtenir les réponses de 139 espèces de poissons marins aux différents facteurs, et donc de caractériser la niche anthropique de ces espèces. La gravité, notamment, est une des variables les plus structurantes des distributions de poissons, et elle influence celles-ci de manière partiellement indépendante de la pêche. J’ai aussi pu analyser le lien entre les traits et les différents facteurs, mettant encore une fois en exergue le lien entre rareté, niveau trophique, et réponse aux facteurs anthropiques. Finalement, j’ai utilisé ce modèle pour prédire les changements d’assemblages de poissons marins, et les gains assocités en richesse taxonomique, phylogénétique, fonctionnelle, ainsi que le gain en espèces menacées sous différents scénarios de pression anthropiques. J’ai pu en tirer des conclusions en termes de conservation, puisqu’il est nécessaire de réduire l’influence de l’humain (autre que la pêche) afin d’observer un véritable changement d’espèces portant de nouvelles fonctions, et afin de préserver les espèces menacées. Ces trois chapitres ont permis de mieux comprendre l’influence de différents facteurs anthropiques sur les processus d’assemblages des communautés de poissons, notamment en mettant en avant des traits structurant la niche anthropique.