Résumé
La truite commune Salmo trutta L. est l'espèce de salmonidés la plus rependue en Europe. Cette espèce présente une grande diversité phénotypique liée à son histoire évolutive complexe. Chaque année, d’intenses repeuplements ont lieu afin d’augmenter les densités locales de populations, notamment pour la pêche sportive. Des truites d’origine atlantique, domestiquées depuis des décennies, et plus récemment des souches domestiques méditerranéennes, sont largement utilisées pour repeupler les populations sauvages locales d’origine méditerranéenne dans le sud de la France. Jusqu’à présent, les conséquences des interactions génétiques, telles que l’hybridation et l’introgression d’allèles domestiques dans les populations locales résultants de ces repeuplements, étaient suivies à l’aide de marqueurs allozymes et microsatellites. Cependant, en raison de leurs nombres extrêmement réduits, ces marqueurs n’offraient qu’une représentation très partielle du génome. Ainsi, leur étude ne permet pas de rendre compte fidèlement des signatures génomiques associées aux pratiques de repeuplement, nécessaires pour comprendre les conséquences évolutives de l’introgression. L’objectif de cette thèse est donc d’étudier à l’échelle génomique les conséquences des interactions génétiques induites par l’introduction d’individus domestiques d’origines atlantique et méditerranéenne dans les populations ‘sauvages’ méditerranéennes du bassin de l’Orb. La première partie de cette thèse rend compte du développement d’environ 196000 marqueurs SNPs et d’une carte de liaison génétique haute densité chez S. trutta. Dans la deuxième partie, les outils moléculaires précédemment développés sont utilisés pour détecter à l’échelle individuelle les haplotypes introgressés et ainsi décrire le paysage génomique de l’introgression dans trois populations sauvages du bassin de l’Orb. La distribution de la taille de ces haplotypes est alors utilisée en prenant en compte les variations du taux local de recombinaison pour estimer l’âge moyen de l’introgression dans chaque population locale. Finalement, la troisième partie s’intéresse aux pressions sélectives - positives ou négatives - qui modulent le paysage génomique de l’introgression d’allèles domestiques dans les populations sauvages. Les résultats suggèrent que les conséquences de l’hybridation sur la valeur sélective des individus doivent être considérées séparément entre le court et le long terme. Ces travaux montrent que la compréhension des mécanismes évolutifs impliqués présente un intérêt majeur pour la conservation et la gestion des populations naturelles.