Résumé
Le paludisme continue de ravager une grande partie de la population mondiale. Les efforts soutenus déployés au fil des ans ont permis d'enregistrer des succès, mais ont largement marqué le pas, voire se sont inversés ces derniers temps. Si l'accès aux efforts d'intervention peut jouer un rôle, les stratégies d'adaptation des parasites et des vecteurs, telles que la chimiorésistance, sont des éléments essentiels. Néanmoins, les infections asymptomatiques, qui passent inaperçues et servent de réservoirs de transmission, sont peut-être un facteur silencieux. La caractérisation moléculaire de ces infections pourrait fournir des informations précieuses. Cependant, la faible biomasse parasitaire généralement associée à ces infections rend difficile une caractérisation moléculaire complète. Pour relever ce défi, cette thèse explore différentes approches et leur faisabilité pour une application à des infections parasitémiques extrêmement faibles. Les parasites provenant de volontaires symptomatiques, asymptomatiques chroniques et CHMI de Gambie ont été profilés dans cette étude. Différentes procédures expérimentales ont été optimisées pour la caractérisation transcriptomique et génomique des infections à faible densité. L'enrichissement enzymatique des érythrocytes infectés directement à partir de sang veineux non cultivé et son application ultérieure pour le tri cellulaire et le profilage transcriptionnel dans une approche pseudo-bulk à faible débit sont décrits, avec son application aux parasites CHMI montrant que les principaux gènes différentiellement exprimés entre les volontaires hautement et faiblement immunisés étaient ceux codant pour les ASV. Les isolats de terrain ont également fait l'objet d'un profilage transcriptionnel par séquençage du transcriptome entier et séquençage DBLα-tag pour les gènes var. Les génomes entiers de cellules uniques ont été amplifiés et séquencés avec succès pour l'analyse des mutations et des variantes structurelles. En outre, les parasites ont été adaptés avec succès à des cultures in vitro, clonés et des génomes de référence spécifiques aux allèles ont été assemblés par séquençage à longue lecture PacBio. Cette étude présente une procédure réalisable qui peut être affinée à l'avenir pour la caractérisation complète des infections chroniques asymptomatiques à faible densité.