Résumé
Au Cambodge, le riz est vital, car il assure la subsistance et constitue la principale source de revenus pour plus de 80 % des ménages ruraux. La perte économique annuelle estimée au Cambodge due aux ravageurs et aux maladies du riz représente jusqu'à 30 à 40 % des rendements, due à une gestion inadaptée de la protection des cultures via l’utilisation massive de pesticides chimiques qui sont peu efficaces et contaminent l’environnement, et posent des problèmes à l’exportation. Cette thèse porte sur l’identification de bioinoculants microbiens issus du microbiote végétal pour lutter contre les maladies foliaires du riz au Cambodge. Pour identifier des microorganismes efficaces, nous sommes partis de l’hypothèse que des plants de riz sains dans des champs infestés de maladies pouvaient porter un microbiote protecteur. Nous avons échantillonné les feuilles, racines et rhizosphère de plants sains et malades de deux variétés de riz dans deux champs infestés de maladies, et avons étudié leur microbiote par séquençage Illumina et analyse des variants de séquence (ASV) de deux amplicons barcodes (16S V3V4 pour les bactéries, et 18S pour les microeucaryotes). L’analyse de signature de santé dans les microbiotes a montré une forte signature au niveau foliaire avec plusieurs espèces de Methylobacterium, dont nous avons pu isoler certaines souches grâce à une approche cultivable ciblée, et montré qu’elles pouvaient protéger le riz (variété Phka rumduol) contre une bactériose foliaire lorsqu’inoculées par spray sur feuilles (Chapitre 2). Nous avons ensuite élargi notre étude à quinze variétés de riz cultivées sur une seule parcelle, dont nous avons comparé le microbiote foliaire (marqueurs 16S V3V4 et ITS) entre des échantillons de feuilles malades et saines (Chapitre 3). Nous avons identifié Methylobacterium indicum (détectée précédemment) comme taxon indicateur de santé conservé lorsque nous comparions tous les échantillons malades à tous les échantillons sains de toutes les variétés, et avons pu dresser une cartographie des phytopathogènes foliaires par variété (par approche PCR spécifique et ASV), révélant la prépondérance de certains pathogènes comme Cercospora janseana (Narrow brown spot) ou de phytopathogènes comme Alternaria padwickii ou Epicoccum sorghinum non-décrit jusqu’alors au Cambodge. Nous nous sommes également intéressés aux signatures de maladies en étudiant le pathobiote foliaire de trois maladies du riz (Blast, Narrow Brown Spot et Bacterial Leaf Blight) présentes sur une parcelle, et d’une maladie sur trois parcelles, révélant des signatures spécifiques à chaque maladie et à chaque champs (chapitre 4). Enfin, une approche cultivable a été réalisé pour construire une collection de plusieurs centaines de bactéries issues de la rhizosphère du riz, dont 48 représentants ont été testés pour l’amélioration de la croissance du riz jasmin Pkha rumduol, qui a permis d’identifier quelques souches candidates dont les effets devront être confirmés (Chapitre 5). En conclusion, nous avons pu identifier des bactéries candidates pour le biocontrôle des maladies du riz au niveau foliaire et racinaire. Ces travaux de recherche contribuent à répondre à la demande de produits biologiques en alternative aux pesticides chimiques, et au développement d’une riziculture plus durable au Cambodge.