Résumé
Meloidogyne graminicola (Mg), communément appelé nématode à galles du riz, est un ravageur dévastateur dans le monde entier, causant de graves dommages à la production de riz et à d'autres cultures. Malgré l'énorme impact du Mg sur l'agriculture, les moyens de contrôler ce pathogène restent limités. Il est clair que le manque de connaissances sur l'adaptabilité du Mg à son environnement reste à résoudre. Les travaux menés et présentés dans ce manuscrit de thèse se sont concentrés sur l'étude génomique de ce nématode se reproduisant par parthénogenèse méiotique facultative en reconstruisant les génomes mitochondriaux et nucléaires de plusieurs isolats de Mg. En utilisant une approche génomique comparative au sein de l'espèce et avec d'autres espèces apparentées, ce travail vise à retracer l'évolution moléculaire et le cycle biologique du Mg. Les résultats de cette étude peuvent être décomposés en quatre parties principales: Premièrement, une analyse comparative entre Mg et les espèces phylogénétiquement apparentées, M. oryzae, a montré des séquences mitochondriales et nucléaires très similaires. Fait intéressant, ces deux espèces trouvées dans les rizières en Amérique du Sud partageaient l'une des deux copies divergentes de plusieurs régions nucléaires. Cela suggère que Mg et M. oryzae ont probablement un ancêtre commun et qu'ils pourraient tous deux être le résultat d'une hybridation interspécifique. Deuxièmement, une séquence de référence haploïde de haute qualité du génome nucléaire de Mg a été assemblée et annotée. La teneur totale en ADN d'une cellule somatique, probablement à l'état diploïde, est d'environ 82 Mo et le génome a une hétérozygotie d'environ 2%. Les gènes codant pour les protéines, les éléments transposables et les transferts de gènes horizontaux ont été annotés dans tout le génome et le rôle potentiel de ces éléments dans le parasitisme a été discuté. Troisièmement, l'étude génomique comparative d'isolats de 13 Mg collectés à grande échelle géographique a permis d'émettre des hypothèses sur l'histoire évolutive de l'espèce: i) L'analyse du déséquilibre de liaison et le test des quatre gamètes utilisant des variants mononucléotidiques (SNV ) a révélé l'existence d'une recombinaison homologue, susceptible de se produire lors de la méiose ii) Le faible niveau de variantes géographiques et l'étude phylogénétique de ces 13 isolats révèlent un manque de structure de population collectée en Asie du Sud-Est suggérant une dispersion récente de ce pathogène dans ce région du monde iii) Différentes pertes d'hétérozygotie (LoH) et une hétérogénéité dans les variations du nombre de copies (CNV) ont été observées entre les isolats. Ceci suggère un mécanisme évolutif potentiel basé sur des réarrangements génomiques importants qui contribueraient à apporter de la plasticité dans le génome de cet organisme polyploïde se reproduisant par parthénogenèse méiotique. pathotype virulent et donc potentiellement avec le processus d'adaptation des espèces à un génotype de riz résistant. Les gènes codant pour les effecteurs potentiels ont été identifiés comme la cible de ces modifications génétiques et leur rôle dans l'acquisition de la virulence est discuté.Dans l'ensemble, ces travaux ont abordé certains points clés de l'histoire évolutive de M. graminicola: i) HGT, TE, RE , LoH et CNV représentent les principaux éléments qui semblent avoir été responsables de la formation du génome du Mg et continuent pour certains d'entre eux (ex: CNV, LoHs) à participer à l'adaptation de l'espèce à des environnements changeants ii) Modèles spécifiques impliquant LoHs, CNVs , et les SNV ont été observés et semblent coïncider avec l'adaptation de l'espèce à des stress importants tels que l'acquisition de la virulence iii) Cette étude émet l'hypothèse de l'origine hybride de Mg