Résumé
La présence d’huiles essentielles dans la peau des fruits et des feuilles constitue une spécificité des agrumes tels que l’orange et la bigarade. Cette huile essentielle contient de nombreux composés, variables en quantité et en nombre selon l’espèce ou la variété, et dont certains possèdent des propriétés aromatiques très appréciées par les consommateurs et par l’industrie agroalimentaire et des cosmétiques et des parfums. La quantité des composés aromatiques peut varier en fonction de nombreux facteurs liés aux techniques culturales, à l’environnement (climat, sol), à la maturité des fruits, aux méthodes de séchage de la peau et à la génétique (variétés et hybrides). Cette variation de composition de l’huile peut provoquer une modification de l’arôme et donc changer les caractéristiques du fruit ou d’un produit transformé. La thèse avait donc comme objectif d’évaluer l’impact sur la composition chimique et le profil aromatique : du porte-greffe, de la ploïdie, du stade de développement du fruit, de la variabilité, du séchage et de la conservation de la peau des fruits et la génétique liée à la mutation (diversité variétale) et celle produite par l’hybridation. Les huiles essentielles ont été extraites par hydrodistillation, leur composition déterminée par chromatographie en phase gazeuse couplée avec un détecteur à ionisation de flamme et avec un spectromètre de masse. En parallèle leurs arômes ont été caractérisés par différentes analyses sensorielles. Des marqueurs génétiques ciblant des microsatellites et le polymorphisme nucléotidique ont été utilisés pour évaluer la diversité génétique de la collection variétale des deux espèces d’agrumes et construire une carte génétique de l’oranger via une approche de génotypage par séquençage pour localiser les locus de caractères quantitatifs des composés aromatiques.La composition chimique de l’huile essentielle de zestes des deux agrumes est dominée par le limonène qui représente plus de 90% de l’huile essentielle ce qui gêne l’analyse de la variabilité des autres composés. La composition chimique et le profil aromatique des huiles essentielles sont gouvernés par plusieurs facteurs. L’hybridation est évidemment le facteur le plus perturbant car l’oranger est un hybride interspécifique donc très hétérozygote et très peu d’hybrides clémentinier/oranger reproduisent un profil aromatique semblable à l’orange. A l’opposé, la diversité variétale surtout basée sur la mutation n’engendre que très peu de variation tant aromatique que chimique. Néanmoins, chez les bigaradiers des profils atypiques ont été détectés issus d’hybridations identifiées comme différentes de la phylogénie des bigaradiers classiques. Le stade de développement du fruit a aussi une forte influence mais seulement lorsque les fruits sont petits et immatures (juillet – septembre). Le porte-greffe ainsi que son niveau de ploïdie et celui du scion n’ont qu’une faible influence sur la composition et le profil aromatique. En post-récolte, la méthode de séchage est très influente en induisant sous l’action de la chaleur la dégradation de composés de la famille des monoterpènes oxygénés et des aldéhydes aliphatiques ce qui entraine la détérioration du profil aromatique. En revanche, tous les facteurs étudiés modifient de manière importante le rendement en huile. La cartographie génétique a localisé vingt locus de caractères quantitatifs de quinze composés et du rendement en huile essentielle dont certains positionnés dans les mêmes groupes de liaison.Au cours de cette thèse, les principaux facteurs d’instabilité de l’huile essentielle d’orange et de bigarade ont été quantifiés et des suggestions ont été faites quant aux travaux complémentaires à réaliser pour mieux contrôler la qualité des arômes. Des recommandations de traitements à appliquer sur le séchage des peaux d’orange et de bigarade pour préserver au mieux leur qualité aromatique ont été proposées.