Résumé
Le café est un produit agricole stratégique pour la vie socio-économique du Burundi. C'est la principale source de revenus des ménages producteurs de café de plusieurs régions du pays et génère environ 80% de rentrées en devises pour le pays. Malgré son importance, la production du café est limitée par l'anthracnose du caféier, une maladie également connue sous le nom de maladie des baies du caféier (Coffee barry disease = CBD), causé par un champignon appelé Colletotrichum kahawae. Étant donné que le caféier est une plante pérenne, ce pathogène peut survivre et se multiplier tout au long de la saison culturale et par conséquent peut être toujours présent. En général, plusieurs approches de gestion comprenant la pulvérisation de pesticides, les bonnes pratiques culturales et les variétés résistantes sont préconisées pour réduire les pertes causées par une maladie. Cependant, la gestion du CBD avec des pesticides n'est pas rentable pour les petits producteurs du café comme c'est le cas au Burundi où la majorité des caféiculteurs pratiquent cette culture sur des superficies souvent inférieures à 12 ares. Dans cette situation, il est nécessaire de développer des stratégies de lutte contre cette maladie plus pratiques et plus saines pour l'environnement, la consommation et la commercialisation du café. Globalement, notre étude a été réalisée pour connaître la situation épidémiologique du CBD au Burundi et contribuer au développement des technologies de gestion adéquates dans le but d'augmenter la production du café. Les objectifs spécifiques suivants ont été visés : (1) analyser la prévalence et la répartition de l'anthracnose des baies du café arabica au Burundi ; (2) identifier les facteurs influençant le développement épidémiologique de l'anthracnose des baies du café arabica au niveau macro-écologique (zones agroécologiques) et micro-écologique (au niveau de la parcelle sous ombrage); (3) déterminer la diversité génétique des populations de Colletotricum kahawae du Burundi ; (4) analyser l'agressivité des souches de Colletotricum kahawae du Burundi et identifier les sources de résistance dans les collections du café arabica disponibles au Burundi. Dans ce cadre, des prospections phytosanitaires ont été réalisées de 2018 à 2021 pour déterminer l'influence des conditions environnementales sur le développement épidémiologique du CBD. Les échantillons présentant des symptômes du CBD ont également été collectés pour des analyses ultérieures au laboratoire. Les résultats de cette étude ont montré que les conditions environnementales telle que l'ombrage, la température, l'humidité relative élevée et l'altitude sont les principaux facteurs qui influencent le développement épidémiologique du CBD au Burundi. L'analyse de la diversité génétique aux microsatellites de quatre-vingt-quinze isolats a montré la clonalité des populations de C. kahawae du Burundi. L'évaluation de la résistance des variétés de caféier en collection au Burundi a permis d'observer qu'il y a des sources potentielles de résistance au C.kahawae qui peuvent être exploiter dans le cadre de la mise en place des stratégies de gestion intégrée du CBD.