Résumé
Les moustiques, du fait de leur capacité à transmettre des pathogènes, sont responsables d’environ 700 000 morts par an à travers le monde. En raison de leur résistance aux insecticides et en l’absence de vaccins efficaces contre les maladies causées par les agents pathogènes qu’ils transportent, de nouvelles méthodes de biocontrôle sont requises. La bactérie Wolbachia est un endosymbionte (bactérie résidant à l’intérieur des cellules de son hôte) qui infecte la plupart des insectes et qui est connue pour sa capacité à moduler la reproduction de son hôte ou à lui conférer une protection contre certains pathogènes. Ses capacités sont exploitées dans les méthodes de biocontrôles actuelles visant soit à réduire les populations de moustiques, soit à offrir une protection permettant de réduire le taux de transmission de pathogènes par les moustiques.Plus généralement, le moustique dispose d’un microbiote (ensemble des microorganismes présents dans un milieu donné) dont les membres (incluant Wolbachia) jouent un rôle essentiel pour sa survie, son développement, son système immunitaire et sa reproduction. Une partie du microbiote est acquise par l’environnement et une autre est acquise de manière verticale, transmise des parents aux descendants. Globalement, le microbiote est formé de nombreux membres (incluant des bactéries, des eucaryotes, des champignons, etc) qui ont des intéractions intimes avec leur hôte mais aussi entre eux. Ces intéractions peuvent avoir un impact important sur leur devenir et leur (co)-évolution. Ainsi, l’étude du microbiote chez le moustique est essentielle car mieux comprendre sa composition et ses mécanismes pourrait aider à développer de nouvelles méthodes de biocontrôle ciblées ou à améliorer celles déjà existantes.Pendant longtemps, le seul moyen d’identifier et d’étudier les microorganismes était de les isoler et de les cultiver en laboratoire. Cependant, la majorité des microbes venant de l’environnement est difficilement cultivable, ce qui rend difficile leur caractérisation. Ces dernières décennies, les avancées technologiques notamment dans les méthodes de séquençage et le développement d’outils bio-informatiques ont permis de développer de nouvelles stratégies pour étudier le microbiote et accéder à la diversité mais aussi au potentiel fonctionnel des microbes non cultivables. Dans ce travail de thèse, je vais principalement explorer la diversité du microbiote de l’intestin, organe de l’immunité du moustique Culex pipiens en utilisant une approche de métagénomique ciblée basée sur l’analyse d’amplicons et une approche de métagénomique globale basée sur la reconstruction in silico de génomes bactériens à partir du séquençage de tout l’ADN génomique. Pour aller plus loin, je vais aussi investiguer la microdiversité présente à plusieurs échelles anatomiques (individus entiers, ovaires et intestins individuels, poolés ou non) à l’aide de ces deux approches. De plus, je vais étudier le potentiel fonctionnel et essayer d’estimer la contribution des génomes bactériens dans les différentes voies métaboliques afin de mieux comprendre leur interaction avec leur hôte.