Résumé
Les savanes, étendues de forêts sèches et d’herbes, regorgent d'espèces végétales à grand intérêt. Cependant, l’origine et l’évolution des espèces végétales au sein de l'écosystème des savanes restent peu étudiées, notamment en Afrique de l’Ouest, ce qui freine le développement de stratégies de protection et de conservation. Au cours de ma thèse je me suis intéressé à deux espèces de palmiers importantes pour les populations locales sahéliennes, le palmier rônier (Borassus aethiopum Mart.) et le palmier bambou (Raphia vinifera P. Beauv). Dans un premier temps j’ai exploré la diversité génétique et l’évolution du palmier rônier pour comprendre l’impact des changements climatiques passés sur sa distribution. L’exploration de la diversité génétique de B. aethiopum a nécessité la collecte de 180 échantillons de feuilles dans 9 localités au Bénin. Une collection inter et intra spécifique composée respectivement de 29 espèces de Borassus et genres apparentés et 69 individus de B. aethiopum a été constituée pour la reconstruction phylogénétique du genre Borassus et la phylogéographie de B. aethiopum. Une approche de capture de gènes a été utilisée pour les analyses de phylogénie moléculaire. La reconstruction phylogénétique datée du genre Borassus a été réalisée par la méthode de maximum de vraisemblance (RAxML), la datation moléculaire étant réalisée avec des fossiles de palmier et sur la base d’une horloge moléculaire stricte. La méthode de coalescence a été utilisée pour construire l’histoire évolutive des groupes génétiques de B. aethiopum. Nous avons défini 11 loci microsatellites à partir d’un séquençage partiel du génome de B. aethiopum. L’analyse des données a montré une faible diversité génétique au Bénin. Nous avons obtenu également une faible structuration génétique avec une variance moléculaire plus importante en intra-site (53 %). La reconstruction phylogénétique datée a révélé une origine asiatique pour le genre Borassus il y a 24,4 Ma, et une divergence tardive au sein du genre il y a environ 16 millions d’années. La spéciation de B. aethiopum date de 3,05 Ma et son espèce-sœur se révèle être B. madagascariensis. Nos résultats apportent également la preuve génétique de la présence de B. akeassii au Sénégal. A partir de l’analyse des données SNPs, nous avons détecté trois groupes génétiques chez B. aethiopum en Afrique de l’Ouest et au Centre. L’histoire évolutive des groupes génétiques de B. aethiopum construite suggère une expansion longitudinale orienté Nord-Sud au cours du Pléistocène (2,58 Ma – 11,7 ka) en Afrique de l’Ouest suivant le couloir sec dahoméen et en parallèle à une expansion de l’Afrique de l’Ouest vers le Centre (Cameroun) il y a 0,92 Ma. Cette période d’expansion (1,38 – 0,92 Ma) des groupes génétiques de B. aethiopum a été identifiée comme une période chaude du climat qui a favorisé l’expansion des savanes et l’installation du couloir sec dahoméen. Dans un second volet de ma thèse, j'ai cherché à vérifier l’impact anthropique sur la structuration génétique des peuplements naturels de Raphia vinifera au regard de la forte influence anthropique que subit l’espèce dans l’Ouest du Cameroun. A partir d’une collection de 28 individus, nous avons analysé la structuration génétique chez R. vinifera en utilisant une approche d’appel de SNPs. Nos résultats révèlent un seul groupe génétique pour l’ensemble des populations de R. vinifera collectées dans l’Ouest du Cameroun. Ces résultats traduisent une absence de structuration génétique, et la totalité de nos accessions se retrouve dans un même groupe génétique suggérant un important transfert de matériel génétique entre ces différentes populations. Nos résultats postulent pour un paysage façonné par l’activité humaine au fil du temps, notamment la culture du R. vinifera depuis plusieurs générations à l’Ouest du Cameroun.