Résumé
L'adaptation à la myrmécophagie (consommation de fourmis et/ou de termites) chez les mammifères placentaires représente un exemple classique d'évolution convergente qui correspond à l’évolution indépendante de phénotypes similaires dans différentes lignées. Les espèces myrmécophages ont évolué au moins cinq fois indépendamment chez les placentaires et comprennent les oryctéropes (Tubulidentata), les tatous (Cingulata), les fourmiliers (Pilosa), les pangolins (Pholidota) et les protèles (Carnivora). Pour comprendre comment ces espèces se sont adaptées de manière convergente à ce régime alimentaire et si les mêmes mécanismes sont impliqués, ce projet s'est appuyé sur des approches de génomique et métagénomique comparatives. Plus précisément, pour comprendre les mécanismes adaptatifs sous-jacents impliqués dans la perception et la digestion des proies, deux familles de gènes (respectivement les récepteurs gustatifs et les chitinases) ont été étudiées, ces dernières étant analysées à la fois chez l'hôte et dans son microbiote intestinal. L'étude de l'évolution des gènes des récepteurs gustatifs a révélé plusieurs pertes de la perception des goûts umami, sucré et/ou acide dans les lignées myrmécophages. Des analyses de transcriptomique comparative ont révélé différentes utilisations des répertoires de gènes de chitinase pour la digestion de la chitine chez ces espèces, reflétant l'influence des contraintes phylogénétiques. Enfin, la reconstruction de génomes de bactéries chitinolytiques à partir du microbiote intestinal de neuf espèces myrmécophages a mis en évidence son rôle dans l'adaptation à ce régime alimentaire, soulevant des questions sur le rôle de l'holobionte dans l'adaptation à la myrmécophagie. L’ensemble de ces résultats soulignent l'importance de combiner plusieurs approches pour mieux comprendre le phénomène de convergence et soulignent encore un peu plus l'influence de la contingence historique et de la sélection naturelle dans l’évolution de phénotypes convergents.