Résumé
L'augmentation de la population humaine s'est accompagnée d'une augmentation de la demande de nourriture. Depuis 2008, des événements de mortalité massive de juvéniles d'huîtres causés (Crassostrea gigas) par le syndrome de mortalité des huîtres du Pacifique (Pacific Oyster Mortality Syndrome ; POMS) ont menacé l'industrie ostréicole. La résistance de C. gigas au POMS a démontré qu'elle repose sur des bases génétiques. Plus récemment, il a été démontré au niveau phénotypique qu'elle repose sur une réponse transcriptomique précoce à l'infection virale. Bien que des données concernant l'implication de l'épigénétique dans la résistance au POMS soit encore rare, le rôle essentiel du transcriptome, de son niveau de base à la réponse antivirale, et l'effet de l'environnementale sur la résistance de l'huître, suggèrent collectivement que l'épigénétique peut jouer un rôle essentiel. Nous proposons ici un cadre pour étudier simultanément le rôle potentiel de la génétique et de l'épigénétique dans l'expression d'un phénotype en utilisant le modèle C.gigas/POMS en population naturelle. Nous avons développé une approche de capture d'exome pour obtenir des informations génétiques (Single Nucleotide Polymorphisms ; SNPs) et épigénétiques (méthylation de l'ADN au niveau du contexte CG; CpGs). Des populations naturelles d'huîtres avec une exposition contrastée au POMS ont été phénotypées par une infection expérimentale. Les résultats obtenus montrent que l'exome capture a permis de caractériser la variation génétique et épigénétique de plus de 65 % des exons. Nous avons montré que les populations d'huîtres sauvages exposées de manière différentielle au POMS présentent des signatures de sélections à la fois dans leur génome (SNPs) et leur épigénome (CpGs). Un grand nombre de ces SNPs et CpGs étaient situés dans des gènes codant pour des protéines impliqué dans la réponse immunitaire. Ces résultats confirment que les populations hôte s confrontées à l'émergence de pathogènes peuvent s'appuyer sur la variation génétique et épigénétique pour s'adapter rapidement aux maladies émergentes. Si notre étude confirme le rôle essentiel joué par la séquence d'ADN, elle montre également que d'autres mécanismes peuvent interagir avec cette séquence pour coder un phénotype résistant ; cependant ils peuvent aussi être indépendants de cette séquence et participer à l'expression de la résistance. Ces résultats confirment que des approches plus holistiques de la résistance des populations hôtes doivent être envisagées pour avoir accès à la plupart des mécanismes en jeu. Par ailleurs ils démontrent également que la sélection assistée par l'épigénétique serait un moyen d'aider l'industrie de la sélection sans effet sur la séquence d'ADN.