Résumé
Les eaux tropicales contiennent des hauts lieux de biodiversité et sont des zones prioritaires pour la conservation dans le contexte actuel de sur-exploration et de changement climatique. Une gestion adéquate des ressources marines nécessite des données écosystémiques, spatialement explicites, de haute qualité et actualisées. A cet égard, l'acoustique active multifréquence est un outil puissant qui peut apporter une réponse pertinente au besoin croissant de données. Dans ce cadre, cette thèse vise à combler certaines lacunes dans la connaissance de la distribution des poissons pour deux écosystèmes tropicaux de l'Atlantique Tropical Sud-Ouest, un petit archipel océanique et l'écosystème côtier néritique du Nord-Est du Brésil en utilisant des méthodes acoustiques actives combinées à d'autres approches. Dans les deux premiers chapitres de cette thèse, nous avons utilisé une méthode intégrée innovante combinant des données acoustiques et vidéo pour étudier la distribution des poissons autour de l'archipel Fernando de Noronha (FNA). FNA englobe une zone marine protégée, interdisant tout prélèvements. L'examen simultané de la vidéo et des échogrammes a permis de discriminer les échotypes similaires, ce qui a conduit à une classification de tous les échos en assemblages de poissons et en deux espèces de baliste. L'espèce la plus abondante observée par l'acoustique était le baliste noir. Nous avons estimé la target strength de cette espèce, une condition préalable à l'estimation de sa biomasse que nous avons estimée à 700 tonnes en utilisant une méthode géostatistique. Les autres distributions d'assemblages ainsi que la partie "non-poisson" des données ont été analysées en relation avec les caractéristiques de l'habitat obtenues à partir des données acoustiques et de la vidéo telles que la profondeur et le type de sédiment, afin de fournir une description détaillée et complète de la distribution des poissons et de leur environnement autour de l'archipel. Cette description complète a permis de mettre en évidence l'emplacement des hotspots de poissons et en particulier l'importance du plateau continental sur le côté au vent de l'île, qui comprend des hotspots de pêche bien connus à FNA. En contradiction avec le résultat attendu, FNA présente une distribution asymétrique des poissons avec une concentration plus élevée sur le côté au vent de l'île principale par opposition à la production primaire plus élevée sur le côté sous le vent. Cela a conduit à une révision de l'effet d'île pour les niveaux trophiques élevés. Dans la dernière partie de cette thèse, nous avons appliqué la méthodologie développée ci-dessus aux données acoustiques recueillies sur l'environnement néritique de la côte Nord-Est de façon continue de jour comme de nuit et à des saisons différentes. L'objectif principal était de décrire la distribution spatiale des poissons démersaux et pélagiques. Pour cela, nous avons classé les échos de poissons en assemblages de poissons. Le paysage acoustique était très différent la nuit et le jour, avec une réponse acoustique plus élevée la nuit en raison de différences dans les comportements grégaires et dans l'occupation de l'espace. De nombreux poissons démersaux et pélagiques effectuent une migration diurne, qui est associée à l'intensité lumineuse. On sait que ce changement de comportement affecte les données acoustiques. Néanmoins, les données acoustiques ont mis en évidence la présence de hotspots le long de la côte du nord-est du Brésil, en particulier le hotspot du plateau de Pernambuco et celui du plateau de Rio Grande do Norte. La distribution spatiale de la biomasse de poissons varie en fonction de la saison, de la profondeur et de la distance au rebord du plateau. A la fin du manuscrit, une discussion est amorcée sur les perspectives qu'offre le jeu de données développé durant cette thèse, notamment pour le Marine Spatial Planning.