Résumé
Cette thèse examine la question de longue date de savoir pourquoi certaines lignées se diversifient davantage que d’autres, en se concentrant sur la diversité asymétrique au sein des Parnassiinae. Pour ce faire, un jeu de données génomiques complet a été constitué, incluant toutes les espèces et plusieurs sous-espèces, en combinant des génomes de haute qualité issus de spécimens récents et des génomes fragmentés provenant de collections muséales. Ce jeu de données, l’un des premiers phylogénomiques complets à l’échelle d’une sous-famille d’insectes, a permis d’étudier de manière robuste les limites des espèces et les relations phylogénétiques, tout en intégrant explicitement la discordance des arbres de gènes. Les temps de divergence ont été estimés selon une approche en deux étapes de datation « total-evidence » intégrant les fossiles connus, et ont servi à reconstruire la biogéographie historique.L’intégration des reconstructions ancestrales des aires biogéographiques, des habitats en altitude, des changements de plantes hôtes avec l’estimation des taux de diversification a mis en évidence le rôle des plantes hôtes et des changements climatiques et orogéniques dans les hautes montagnes d’Asie dans la diversification des Parnassiinae. Une innovation clé encore non identifiée chez Parnassius a contribué à son exceptionnelle diversité, illustrant un scénario de « confluence clé ». La théorie de l’« Escape and Radiate » a été testée via la reconstruction de l’histoire biogéographique de Corydalis, plante hôte ancestrale probable de Parnassius.Aucun signal de co-phylogénie n’a été détecté entre les Corydalis et les Parnassius, suggérant que la co-diversification n’a pas été le moteur principal de leurs grandes diversités réciproques. En revanche, les analyses à fine échelle révèlent des trajectoires de colonisation distinctes : Corydalis est apparue à l’Éocène et s’est dispersée depuis l’est, tandis que Parnassius est apparu au Miocène et a colonisé la région depuis l’ouest. Les taux élevés de diversification observés dans les deux genres résultent vraisemblablement de l’intensification du soulèvement montagneux associée à l’Optimum Climatique du Miocène moyen. Ces résultats confirment Parnassius comme un exemple emblématique de la théorie de l’« Escape and Radiate », où l’adaptation à la chimie des nouvelles plantes hôtes a permis la colonisation de niches alpines extrêmes et a favorisé une diversification rapide.