Résumé
Les peptides, présents dans de nombreux extraits naturels, constituent une classe de biomolécules à fort potentiel thérapeutique. Parmi les nombreuses modifications post-traductionnelles répertoriées, l’amidation C-terminale du squelette peptidique est considérée comme une signature d’activité biologique, d’où l’importance de s’intéresser plus particulièrement à ces peptides C-amidés. Cependant, ces peptides modifiés diffèrent d’uniquement 0.984 Da des peptides natifs présentant une fonction acide carboxylique C-terminale, résultant alors en une superposition de leurs massifs isotopiques en spectrométrie de masse. Cette particularité entraîne des difficultés pour la détection et la caractérisation spécifique des peptides amides en générant des spectres MS/MS potentiellement chimériques contenant des ions fragments issus des deux séquences. De plus, cette différence de masse peut également s’expliquer par certains couples de résidus où la modification acide/amide est localisée en chaîne latérale (acide aspartique/asparagine ou acide glutamique/glutamine), générant alors une problématique de régiosélectivité. Les travaux de thèse ont alors été focalisés sur la caractérisation structurale de peptides carboxylés et amidés par spectrométrie de masse en tandem sous activation CID et ETD d’ions moléculaires protonés et sodés. La spectrométrie de masse résolue en énergie a permis de différencier sans ambigüité des séquences amidées et carboxylées, à partir de leurs comportements de dissociations en phase gazeuse. Enfin, la spectrométrie de masse à ultra-haute résolution ainsi que les techniques séparatives conventionnelles comme la chromatographie liquide haute performance mais aussi l’électrophorèse capillaire ont été mises en œuvre pour sonder la faisabilité de détection et de quantification de traces du peptide acide en mélange avec le peptide amide.