Résumé
Le riz africain, Oryza glaberrima Steud., une espèce cultivée étroitement apparentée au riz asiatique (Oryza sativa L.), est une ressource précieuse pour l'amélioration des propriétés de résistance biotique et abiotique dans la culture du riz. Bien que des recherches approfondies aient été menées sur les bases génétique de l'architecture de l’inflorescence ou panicule chez O. sativa, les facteurs génétiques et moléculaires régissant ce trait essentiel chez O. glaberrima restent mal compris. De plus, il y a un manque de connaissances complètes concernant la diversité intra- et inter-spécifique du développement et de l'architecture de la panicule en relation avec la domestication et la diversification des espèces de riz. Pour combler ces lacunes, nous avons utilisé un panel d'associations composé de 247 espèces de riz africaines, englobant à la fois des génotypes cultivés et sauvages. Tout d'abord, grâce à des analyses in silico et à une analyse d'association basée sur les gènes candidats de 78 gènes connus pour être associés au développement reproducteur, nous avons identifié des variants de séquence naturels sur 27 gènes orthologues chez O. glaberrima qui sont associés de manière significative aux traits liés à la panicule et au temps de floraison. Notamment, nous avons identifié les variants significatifs dans le promoteur et/ou la séquence codante des orthologues de INDETERMINATE SPIKELET 1 (IDS1), ABERRANT PANICLE ORGANIZATION 2 (APO2) et CCT22, qui sont impliqués dans le temps de floraison et/ou la morphologie paniculaire chez O. sativa. Dans un deuxième temps, en utilisant une analyse d'association à l'échelle du génome, nous avons identifié un total de 41 régions génomiques stables qui sont significativement associées aux traits morphologiques de la panicule, dont 13 co-localisées avec des QTL précédemment identifiés dans les populations d'O. sativa et 28 étaient uniques pour cette population d’O.glaberrima. De plus, nous avons trouvé une région génomique d'intérêt sur le chromosome 3 qui était associée au nombre d'épillets et de branches primaires et secondaires. Dans cette région, a été localisé l'orthologue du gène PHYTOCHROME B d’O. sativa (Oglab_006903/OgPHYB), possédant des allèles associés à la diversité du temps de floraison et du nombre d'épillets par panicule. Enfin, nous avons analysé les variants structuraux (SV, pour « structural variants ») présents dans les 41 sites GWAS et identifié des SV ancrant des gènes clés associés au développement paniculaire, d'autres portant de nouveaux gènes spécifiques à O. glaberrima. Les résultats de cette étude contribuent à une meilleure compréhension des facteurs génétiques et moléculaires sous-jacents à la diversité du développement et de l'architecture de la panicule de riz et offrent des cibles potentielles pour améliorer les traits morphologiques de la panicule de cette culture importante.