Résumé
L’intégrité des habitats est chaque jour un peu plus fragilisée par les activités humaines, perturbant les processus écologiques à toutes les échelles. Dans ce contexte, maintenir la connectivité du paysage, définie comme le degré auquel le paysage facilite ou empêche le mouvement entre des zones de ressources, est devenue une problématique centrale dans les plans de gestion des populations. Cependant, sa modélisation demeure un défi méthodologique, puisqu’elle varie entre les espèces, les individus, le temps et l’espace.Ma thèse vise à proposer des outils de modélisation permettant d’explorer la variabilité de la connectivité du paysage entre échelles à partir de données de suivi non-invasif, tout en intégrant l’incertitude inhérente aux suivis des populations. Concrètement, nous avons utilisé des modèles d’occupation et des modèles spatialisés de capture recapture (SCR) intégrant les distances paysagères pour modéliser la résistance du paysage aux déplacements, avec comme cas d’étude trois espèces de carnivores : L’ours brun (Ursus arctos), le lynx boréal (Lynx lynx) et la loutre d’Europe (Lutra lutra).Ma thèse se compose de quatre articles abordant la connectivité du paysage, de l’utilisation du paysage par les individus au sein de leur domaine vital au cours d’une année (Article I et II), à son déplacement entre les années (Article III), jusqu’à la recolonisation de population entre décennies (Article IV). L’article I exploite au mieux le suivi de l’ours brun dans les Pyrénées et démontre le coût de la densité de routes sur l’utilisation du paysage par les modèles SCR. L’article II étend ce travail à un cadre bayésien, révélant la variabilité des réponses à la résistance des routes au sein de la population. L’article III se place à une échelle plus large et présente la première intégration de distance non-euclidienne dans les modèles SCR en populations ouverte. Enfin, l’article IV introduit la théorie des circuits dans les modèles d’occupation, démontrant son intérêt pour l’étude de la recolonisation du lynx boréal et de la loutre d’Europe en France. Plus généralement, nous illustrons l’apport des suivis non-invasifs combinés aux modèles hiérarchiques pour estimer la connectivité du paysage. Les modèles hiérarchiques fournis- sent ainsi un cadre méthodologique unifié pour (1) propager l’incertitude des données biologiques aux cartes de connectivités, (2) apporter une compréhension mécaniste de la connectivité du paysage et (3) faciliter la reproductibilité des analyses. Les perspectives de developpement de ces modèles sont prometteuses, et ouvrent la voie à l’intégration d’autres distances paysagères ou encore à une estimation simultanée de la connectivité à plusieurs échelles.