Résumé
Les systèmes de production alimentaire ont dû répondre ces dernières décennies à une demande alimentaire croissante générée par l'augmentation exponentielle de la population humaine. Ceci a mené à une intensification des cultures, des élevages et de la pêche au détriment des stocks et de la santé de notre planète. Pour le milieu marin, l'intensification de la pêche a conduit à l'amenuisement de certains stocks et à la mise en place de quotas. Cette diminution des ressources halieutiques a conduit au développement de l'aquaculture, une pratique d'élevage de la ressource bleue. Cependant, avec la surproduction et les changements globaux nous assistons à une recrudescence des épizooties depuis 1970, surtout chez les orgnaismes ectothermes. La maladie du POMS (Pacific Oyster Mortality Syndrome) en est une parfaite illustration puisqu'elle est responsable, chaque année, d'importants épisodes de mortalités chez les juvéniles de l'espèce d'huître Magallana gigas dans l'ensemble des pays producteurs. Maladie polymicrobienne apparue en 2008 en France, sa pathogénicité dépend de multiples facteurs dont la température (entre 16 et 24°C sur les côtes françaises) et la disponibilité en ressources nutritives. Alors que de nombreuses recherches ont permis de caractériser la pathogénèse et d'identifier les différents facteurs influençant le développement de cette maladie, les mécanismes moléculaires responsables des variations de permissivité en fonction de ces facteurs demeurent encore largement inconnus. Cette thèse s'inscrit donc dans cet objectif. Par un design expérimental rigoureux, une approche holistique et une analyse comparative intégrative à différentes échelles dans des conditions permissives et non-permissives à la maladie, nous avons pu identifier les mécanismes moléculaires sous-jacents à la permissivité liée à la température et à la ressource alimentaire. Ces résultats permettent de mieux comprendre la complexité de cette interaction hôte-pathogène-environnement et permettront à terme d'implémenter des modèles prédictifs du risque épidémiologique.