Résumé
La production du riz est affectée par des agents phytopathogènes dont le champignon Pyricularia oryzae, agent de la pyriculariose. Pour améliorer la lutte intégrée, il est nécessaire de connaître les sources d’inoculum et utile de disposer d’informations sur la diversité de l’agent pathogène. Toutefois, actuellement la prévalence de la maladie et l’importance relative des sources d'inoculum n’ont pas été évaluées en Afrique de l’Ouest, et plus spécifiquement au Mali. De même, la diversité et la structure des populations de P. oryzae sont peu documentées en Afrique.Cette thèse a donc pour objectif général de contribuer à combler ce déficit de connaissances et pour objectifs spécifiques 1) d’évaluer l’incidence et la sévérité de la pyriculariose du riz dans les différentes zones rizicoles au Mali, 2) de déterminer si les semences, les pailles et/ou le riz sauvage sont sources d’inoculum pour le riz cultivé et 3) d’établir la structure des populations de P. oryzae en Afrique.Les prospections conduites sur des parcelles paysannes et expérimentales en 2018, ont permis d’observer la pyriculariose foliaire et paniculaire dans 10 des 17 sites prospectés. Dans les champs symptomatiques, l'incidence foliaire allait de 24 à 72 % et la sévérité foliaire de 2 à 15 %. Les valeurs les plus élevées d'incidence et de sévérité paniculaires atteignaient respectivement 94 % et 52 %. En 2019, la pyriculariose a été observée sur 3 des 4 sites prospectés et l’incidence et la sévérité étaient beaucoup plus faibles (respectivement 7 % et 1% au maximum). L’incidence de la maladie n’était pas significativement différente entre culture irriguée et bas-fond. Les valeurs maximales d’incidence et de sévérité paniculaire confirment que la pyriculariose est un risque potentiel de pertes de rendement élevées.L'analyse de la mycoflore des semences a montré la présence des genres Bipolaris (ou Exserohilum) et Curvularia dans 17 des 20 lots examinés avec des moyennes de 4,6 et 4,3% de semences contaminées respectivement. Le genre Fusarium a également été observé fréquemment. P. oryzae n'a pas été détecté sur les semences. Par contre, nous avons observé la présence de P. oryzae dans les lots de paille de Niono (3%) et de Sélingué (6%). L’hypothèse que le riz sauvage (Oryza longistaminata) soit une source d’inoculum pour le riz cultivé asiatique (O. sativa) a aussi été testée. Dans des conditions contrôlées, les isolats de riz sauvage sont pathogènes pour le riz cultivé. Ces résultats suggèrent donc que les isolats de P. oryzae provenant du riz sauvage ont le potentiel d'attaquer le riz cultivé dans les champs. Cependant, les populations de P. oryzae sur le riz cultivé et le riz sauvage sont génétiquement différenciées. Ainsi, bien que physiquement proches, chaque plante hôte abrite une population différente de l'agent pathogène et nos travaux suggèrent que le riz sauvage n’est pas une source d'inoculum de pyriculariose pour le riz cultivé. Les semences ne semblent pas non plus être une source d'inoculum au Mali. Le rôle des pailles infectées doit faire l'objet d'une étude plus approfondie.L’analyse de la structure des populations de P. oryzae avec des marqueurs microsatellite a mis en évidence quatre groupes génétiques en Afrique et à Madagascar. Ces groupes correspondent aux quatre groupes identifiés à l’échelle mondiale. Les populations d'Afrique de l'Ouest, d'Afrique de l'Est et de Madagascar sont très différenciées. La structure géographique est cohérente avec une dispersion limitée et avec quelques événements migratoires entre pays voisins. Les deux signes de compatibilité sexuelle sont présents en Afrique mais aucune souche fertile femelle n'a été détectée, ce qui confirme l'absence de reproduction sexuée sur ce continent. Cette étude montre un niveau élevé insoupçonné de diversité génétique de P. oryzae en Afrique et suggère plusieurs introductions indépendantes.